نوشته‌ها

سایت ویستاژن در این مقاله به توضیح روش کروماتوگرافی پرداخته است.

کروماتوگرافی چیست؟

کروماتوگرافی تکنیکی است که در آزمایشگاه جهت تفکیک اجزای یک ترکیب مورد استفاده قرار می‌گیرد. این ترکیب در یک فاز مایع حل می‌شود که توسط فاز دیگری به نام فاز ثابت نگه داشته می‌شود.اجزای مختلف مخلوط با سرعت‌های متفاوت حرکت می‌کنند و این عمل موجب جدا شدن آن‌ها از یکدیگر می‌شود.اساس این تفکیک بر جذب و توزیع مواد بین فاز متحرک و فاز ساکن استوار است.فاز ساکن ممکن است جامد یا مایع و فاز متحرک می‌تواند مایع یا گاز باشد.

 تاریخچه کروماتوگرافی

کروماتوگرافی برای اولین بار در سال ۱۹۰۳ توسط دانشمندی روسی به نام میخائیل تسوت (Mikhail Tswett) به کار گرفته شد.این دانشمند در دهه‌ی اول قرن بیستم،بر روی جداسازی رنگدانه‌های گیاهی از قبیل کلروفیل،کاروتن و گزانتوفیل کار می‌کرد.به دلیل این که این ترکیبات دارای رنگ‌های مختلف هستند،این تکنیک “کروماتوگرافی” نام گرفت.انواع جدیدتر کروماتوگرافی که  بین دهه های ۱۹۳۰ و ۱۹۴۰ اختراع شدند،امکان استفاده از این روش را جهت جداسازی سایر ترکیبات نیز،فراهم کردند.

طی دهه‌های ۱۹۴۰ و ۱۹۵۰، کروماتوگرافی در نتیجه‌ی کار مارتین (Archer john Porter Martin) وسینج (Richard Laurence Millington Synge) بطور چشمگیری توسعه یافت.آن‌ها اصول و تکنیک‌های پایه‌ای کروماتوگرافی پروتئین را بنیان نهادند و تلاش آنان سبب توسعه‌ی سریع چندین روش کروماتوگرافی شد:کروماتوگرافی کاغذی،کروماتوگرافی گازی و روشی که کروماتوگرافی گاز-مایع(HOLC) نام گرفت. از آن زمان ، این فناوری به سرعت پیشرفت کرده است.محققان دریافتند که اصول اصلی کروماتوگرافی تسوت می تواند به روش های مختلفی اعمال شود و در نتیجه انواع مختلف کروماتوگرافی اختراع و بکار گرفته شد.  پیشرفت‌های مداوم، باعث بهبود عملکرد فنی کروماتوگرافی شدند.

انواع کروماتوگرافی

بر اساس حالت فیزیکی فاز ساکن و فاز متحرک،کروماتوگرافی به انواع زیر تقسیم می‌شود:

  • کروماتوگرافی جامد-مایع

   ژلی

  تبادل یونی

   کاغذی

   لایه نازک

  • کروماتوگرافی جامد-گاز

  • کروماتوگرافی مایع-مایع

   کاغذی

   تقسیمی

  • کروماتوگرافی مایع-گاز

همچنین می‌توان کروماتوگرافی را از لحاظ شکل بستر به انواع زیر تقسیم کرد:
  • ستونی

کروماتوگرافی ستونی روشی از جداسازیست که فاز ساکن داخل یک لوله قرار دارد.فاز ساکن جامد،با یک مایع پوشیده شده است که ممکن است همه‌ی فضای لوله را اشغال کند یا در امتداد دیواره‌ی درونی لوله متمرکز شود و فضایی در قسمت میانی لوله برای عبور فاز متحرک ایجاد شود.پس از جریان یافتن حلال در داخل ستون،فاز مایع نمونه را به سمت پایین لوله انتقال می‌دهد ولی چون فاز جامد ترکیبات مختلف موجود در نمونه را با قدرت یکسانی جذب نمی‌کند،برخی ترکیبات سریع‌تر داخل ستون حرکت می‌کنند.

فاز جامد این نوع کروماتوگرافی از جنس موادی همچون آلومین،سیلیکاژل،فلورسین،منیزیم اکسید،کربنات کلیسم و…می باشد.

در سال ۱۹۷۸ کلارک استیل نسخه‌ی جدیدی از کروماتوگرافی ستونی را تحت عنوان کروماتوگرافی ستونی فلش اختراع کرد.در این تکنیک،حلال تحت تاثیر یک فشار اضافی خارجی درون ستون حرکت می‌کند؛این حالت سبب می‌شود مدت زمان کروماتوگرافی کاهش یافته و در حدود ۲۰ دقیقه،جداسازی اجزا انجام شود.

  • مسطح

کروماتوگرافی کاغذی: در این تکنیک محلول روی نقطه ای از کاغذ کروماتوگرافی گذاشته می‌شود.کاغذ درون ظرف حاوی مایع حلال قرار می‌گیرد و سپس حلال از طریق کاغذ،بالا می‌آید.کاغذ کروماتوگرافی از جنس سلولز و قطبیست و ترکیبات موجود در نمونه هرچه قطبیت کمتری داشته باشند بالاتر می‌روند.ترکیبات قطبی‌تر سریعتر با کاغذ تشکیل پیوند می‌دهند و در نتیجه مسافت زیادی را طی نمی‌کنند.

کروماتوگرافی لایه نازک:این روش از نوع کروماتوگرافی جامد-مایع است.در این نوع کروماتوگرافی یک قطره از از نمونه روی لایه‌ی جاذب که روی سطح جسمی بی اثر مانند شیشه پخش شده،گذاشته می‌شود.سپس لایه‌ی جامد درون ظرفی حاوی مایع استخراج کننده قرار می‌گیرد.(سطح مایع پایین‌تر از لکه‌ی نمونه است.)حلال توسط لایه جاذب به آرامی به سمت بالا کشیده می‌شود و در نتیجه هر یک از اجزای نمونه بسته به ویژگی هایشان در محلی خاص از لایه تجمع پیدا می‌کنند و در نهایت بطورت لکه‌ دیده می‌شوند.فاز ساکنِ کروماتوگرافی لایه نازک معمولا از جنس سلولز، سیلیکاژل یا آلومین است.

شرح برخی از انواع کروماتوگرافی،بر اساس حالتِ فاز متحرک،بصورت زیر است:

کروماتوگرافی‌های گازی:

  • کروماتوگرافی گاز-جامد(GSC): اساس این تفکیک،جذب سطحی گاز روی سطح جامد است.
  • کروماتوگرافی گاز-مایع(GLC):کروماتوگرافی گازی معمولا داخل ستونی انجام می‌شود که ممکن است ستونِ packed یا ستون مویین  باشد.ستون‌های packed،ارزان‌تر بوده و استفاده از آنها راحت تر است.ستون های مویین هرچند گران‌ترند اما دارای وضوح بهتری بوده و برای ترکیبات پیچیده تر مورد استفاده قرار می‌گیرند.هر دو نوع ستون از مواد شیمیایی بی اثر و جاذب تشکیل شده اند.

کروماتوگرافی گازی بر تعادل تقسیم آنالیت بین یک فاز ساکن مایع (اغلب سیلیکون مایع) و یک فاز متحرک گازی(اغلب هلیوم) مبتنی‌ست.فاز ساکن داخل یک شیشه با قطر کوچک(ستون مویین) و یا یک ماتریکس جامد در یک لوله‌ی بزرگتر(packed) ریخته می‌شود.این تکنیک برای آنالیزهای شیمیایی پرکاربرد است.هرچند دمای بالای مورد استفاده در آن،باعث واسرشتگی مولکول‌های زیستی از قبیل پروتئین ها می‌شود،اما جهت استفاده در تحقیقات بیوشیمی،در پتروشیمی،نظارت و اصلاحات محیط زیستی و شیمی صنعتی مناسب است.

کروماتوگرافی‌های مایع:

  • کروماتوگرافی مایع-مایع: این تکنیک بطور کلی از لحاظ قطبیت به دو نوع تقسیم می‌شود.روش‌هایی که در آن‌ها فاز ساکن قطبی‌تر از فاز متحرک است کروماتوگرافی فاز مایع نرمال نامیده می‌شود و حالت عکس آن،کروماتوگرافی فاز مایع معکوس نام دارد.

 کروماتوگرافی‌های کاغذی و تقسیمی از این نوع کروماتوگرافی هستند.

کروماتوگرافی تقسیمی: در این تکنیک،اساس تقکیک قدرت انحلال پذیری اجزا در فاز ساکن است.اجزایی که با سرعت بیشتری حل می‌شوند، سریع‌تر در طول ستون حرکت خواهند کرد.این روش شبیه به کروماتوگرافی ستونی جذب سطحیست با این تفاوت که معمولا ظرف مورد استفاده در این تکنیک کوچکتر است و همچنین فاز مایع موجود در ستون نیز متفاوت است.

  • کروماتوگرافی مایع-جامد: به انواع جذب سطی،ژلی،تبادل یونی و لایه کاغذی تقسیم می‌شود.

کروماتوگرافی ژلی:در این تکنیک از یک ژل پایدار و بی اثر استفاده می‌شود که دارای تخلخل‌هایی با اندازه های متفاوت است.در نتیجه اجزای نمونه بر حسب جرم مولکولی،به ترتیب از ستون خارج می‌شوند؛اگر نمونه شامل مولکول‌هایی با انداز‌ه‌ی بسیار بزرگ باشد،اصلا وارد ژل نشده و در نتیجه تفکیک نمی‌شوند.همچنین اگر اجزای خیلی ریز در مخلوط موجود باشد،در ژل فرورفته و از هم جدا نخواهند شد.

بیشترین کاربرد این نوع الکتروفورز در تفکیک ماکرومولکول های زیستی همچون پروتئین،آنزیم،اسید نوکلئیک و پلی ساکاریدهاست.همچنین جهت جداسازی درشت مولکول های مصنوعی نیز بکار می‌رود.

ویستاژن   ویستا ژن vistagene

گردآورنده : سرکار خانم لیلا تنهایی

سایت ویستاژن در این مطلب به توضیح روش الکتروفورز پردخته است.

الکتروفورز چیست؟

الکتروفورز تکنیکی‌ است که در آزمایشگاه جهت جداسازی مولکول‌های باردار از قبیل DNA و RNA و پروتئین،بر اساس وزن مولکولی(اندازه‌) و یا بار الکتریکی آن ها انجام می‌گیرد.

پدیده الکتروفورز برای اولین بار در سال 1807 توسط اساتید روسی پیتر ایوانوویچ استراخوف و فردیناند فردریک ریس در دانشگاه ایالتی موسکو مشاهده شد ، که متوجه شدند استفاده از یک میدان الکتریکی ثابت باعث شده است که ذرات رس در آب پخش شده و در نهایت جابجا شوند.

اساس کار الکتروفورز به این صورت است که جریان الکتریسیته در سرتاسر ژل برقرار می‌شود و بنابراین یک سوی ژل دارای بار مثبت و انتهای دیگر آن داری بار منفی می‌شود. مولکول‌های باردار شروع به حرکت می‌کنند و به سمت بار مخالف می‌روند.مولکولی که داری بار منفی است،به سمت پایانه‌ی مثبت حرکت می‌کند.به این جابجایی مولکول ها مهاجرت می‌گویند.مولکول‌های کوچکتر کمی سریعتر در طول ژل حرکت می‌کنند و در نتیجه مسافت بیشتری را نسبت به مولکول‌های بزرگتر طی می‌کنند.در نتیجه،مولکول‌ها بر اساس اندازه،از هم مجزا می‌شوند.

برای این کار از دو نوع ژل استفاده می‌شود.

۱.ژل آگارز: به دلیل دارا بودن منافذ بزرگ که به مولکول‌های بزرگتر اجازه‌ی حرکت آزادنه می‌دهد،برای الکتروفورز DNA و بررسی‌های کمّی مناسب است؛همچنین از لحاظ اقتصادی مقرون به صرفه تر است.

۲.ژل پلی آکریل آمید: نسبت به ژل آگارز شفاف تر بوده و برای توالی یابی DNA و بررسی جهش‌ها مورد استفاده قرار می‌گیرد.پلی آکریل آمید این امکان را به ما می‌دهد که چگونگی اتصال پروتئین به DNA را مطالعه کنیم و یا از طریق بررسی پلاسمید،نحوه‌ی مقاوم شدن باکتر‌ی‌ها نسبت به آنتی بیوتیک را دریابیم.

برای تفکیک DNA در حالت تک رشته ای ،در ژل از موادی همچون فرمالدهید و اوره استفاده می‌شود.چنین ژل های موسوم به ژل‌های واسرشت‌کننده،ساختار های دوم و سوم DNA را تخریب می‌کند و در نتیجه تفکیک قطعات صرفا بر اساس طول آنها خواهد بود.

اما برای واسرشت سازی پروتئین،از سدیم‌ دو دسیل‌ سولفات (SDS) استفاده می‌شود.

آماده سازی ژل: معمولا ژل‌های آگارز برای تفکیک قطعات DNA مورد استفاده قرار می‌گیرند.غلظت آگارز مورد استفاده در ژل،بستگی به طول DNA های مورد استفاده دارد. رشته‌های کوتا‌ه‌تر DNA،در غلظت‌های بالاتر آگارز مجزا می‌شوند و مولکول‌های بزرگترنیاز به غلظت ‌های پایین‌تر دارند.برای مثال جهت الکتروفورز اسیدهای نوکلئیک با طول صد تا هزار جفت باز ،از آگارز با غلظت یک درصد و برای مولکول‌های بزرگتر از آگارز رقیق تر استفاده می‌گردد.

برای ساخت ژل،پودر آگارز با یک بافر الکتروفورزی مخلوط می‌شود و تحت اثر دمای بالا،گرم می‌شوند تا جایی که پودر آگارز بطور کامل حل شود.سپش ژل مذاب در سینی ریخته می‌شود و در یک انتها شانه قرار می‌گیرد تا چاه هایی ایجاد شود که نمونه ها داخلشان پیپت شود.وقتی ژل خنک و جامد شد(از شفافیت به حالت کدر درمی‌آید) شانه برداشته می‌شود.

سپس ژل در تانک الکتوفورز قرار می‌گیرد بافر الکتروفورز روی آن ریخته می‌شود تا سطح ژل پوشیده شود.این بافر،جریان الکتریکی را هدایت می‌کند و همچنین PH محیط الکتروفورز را ثابت نگه می دارد.نوع بافری که استفاده می‌شود بستگی به سایز تقریبی قطعات DNA در نمونه دارد.

با استفاده از رنگ‌هایی نظیر فلورسنت و یا نشانگرهای رادیواکتیو،DNA پس از جداسازی قابل مشاهده خواهد بود که بصورت باندهایی در ژل دیده می‌شود‌.برای مثال اگر از رنگ اتیدیوم برومید استفاده شود،زمانی‌ که این رنگ مابین رشته‌های DNA واقع شود،تحت اثر نور فرابنفش،سیگنال فلورسانس آزاد می‌کند.

معمولا یک DNA مارکر وارد اولین چاهک می‌شود که حاوی مخلوطی از قطعات دارای وزن مشخص و شناخته شده می‌باشد و به آن ladder نیز می‌گویند.سپس DNA نمونه داخل چاهک های دیگر ژل پیپت می‌شوند.پس از اطمینان از صحت جهت‌گیری ژل و الکترودهای مثبت و منفی،درب مخزن گذاشته می‌شود.جریان الکتریکی برقرار می‌شود و DNA های با بار متفی از طرق ژل به سمت انتهای مثبت به حرکت درمی‌آیند.قطعات کوچکتر سریع‌تر حرکت می‌کنند و طی مدت زمانی که جریان الکتریکی برقرار است،فاصله‌ی بیشتری را طی می‌کند.مسافتی که DNA در طول ژل طی می‌کند می‌تواند توسط نمایش جابجایی رنگهای بافری مشخص شود.جریان الکتریکی تا جایی برقرار می‌ماند که اطمینان حاصل شود قطعات DNA به مقداری که برای مجزا شدنشان لازم است،جابجا شده اند؛و نباید انقدر ادامه پیدا کند که نمونه ها  از انتهای دیگر ژل خارج شوند.

سپس جریان الکتریکی قطع می‌شود و ژل از مخزن الکتروفورز خارج می‌شود.برای مشاهده DNA،ژل به رنگ فلورسنتی که به DNA متصل می‌شود آغشته می‌شود و سپس روی یک ترنس‌الامینتور فرابنفش قرار می‌گیرد که DNA ها را بصورت باندهای درخشان نشان می‌دهد. با توجه به این که باند تشکیل شده به کدامیک از باندهای DNA مارکر نزدیکتر است،می‌توان تشخیص داد قطعات DNA نمونه حدودا دارای چه انداز‌ه‌ای هستند.

کاربردهای الکتروفورز DNA

از جمله اهداف الکتروفورز DNA می‌توان به موارد زیر اشاره کرد:

  • انگشت نگاری DNA برای اهداف پزشکی قانونی
  • انگشت نگاری DNA برای آزمایش تشخیص هویت
  • انگشت نگاری DNA به منظور دستیابی به روابط تکاملی بین ارگانیسم ها
  • ارزیابی واکنش PCR
  • آزمایش ژن‌های مرتبط با یک بیماری خاص

الکتروفورز پروتئین

پروتئین‌های مختلف، بسته به انواع آمینواسیدهای بکار رفته در ساختارشان دارای اندازه‌های متفاوت هستند.همچنین مواد شیمیایی که به پروتئین متصل می‌شوند نیز اندازه‌ی پروتئین را تحت تاثیر قرار می‌دهند.پروتئین‌ها،همچنین در نتیجه‌ی تنوع آمینواسیدها و موادی که به آن‌ها متصل است، از لحاظ بار الکتریکی نیز متفاوت خواهند شد.

انواع مختلف تکنیک‌های الکتروفورز برای دستیابی به اطلاعات مختلف در مورد پروتئین مورد استفاده قرار میگیرند.نوع ژلی که در الکتروفورز بکار می‌رود،وابسته به هدف انجام الکتروفورز است.

الکتروفورز بر اساس اندازه

ژل‌ها عموما از پلی‌آکریل‌آمید ساخته شده اند که جهت جداسازی پروتئین‌ها بر اساس سایز استفاده می‌شوند.پروتئین‌ها ابتدا تحت اثر گرما و ماده شیمیایی به نام SDS،واسرشته می‌شوند. SDS مادی‌ای دترجنت است که پروتئین ها را داری بار منفی یکسان می‌کند و در نتیجه تفکیک پروتئین‌ها تنها بر اساس اندازه مولکولی‌شان صورت می‌گیرد.

این تکنیک SDS-PAGE (SDS-Polyacrilamide gel electrophoresis) نامیده می‌شود.پروتئین‌های کوچکتر سریع‌تر از پروتئین‌های کوچک‌تر حرکت می‌کندد و این اتفاق سبب ایجاد یک سری باندهای پروتئینی در ژل می‌شود.

این روش ممکن است برای بسیاری از اهداف ، از جمله تصفیه پروتئین خاص(به عنوان مثال برای جداسازی آنزیم برای صنایع غذایی) مورد استفاده قرار گیرد.

الکتروفورز بر اساس بار

الکتروفورز با ژل اگارز روشی برای تفکیک پروتئین‌ها بر اساس بار الکتریکی است. در این روش برخلاف SDS-PAGE،پروتئین ها در شکل طبیعی خود باقی می‌مانند.ژل مورد استفاده و محلول اطراف ژل نیز متفاوت است.

ویستاژن vistagene                ویستا ژن

گردآورنده : سرکار خانم لیلا تنهایی

یکی از خدمات سایت ویستاژن، ارائه مشاوره تحصیلی و تخصصی به دانشجویان عزیز می باشد.

مشاوره چیست؟

   هر راهنمایی صحیح سنگی است که از مجموعه ی آن ها بنای زندگی تو ساخته می شود. 
     ( آلبرت انیشتن )

مشورت و دریافت کمک، اطلاعاتی درباره یک موضوع است که بین متخصص (مشاور) و فرد مراجعه کننده انجام می‌گیرد. مشاوره در موضوعات و زمینه‌های گوناگون علمی و برای اهداف گوناگون انجام می‌شود که در میان مردم، بیشتر جنبه روان‌شناختی آن (مشاوره روان‌شناسی) معروف است که هدف از این نوع مشاوره، بهبود وضعیت روحی و روانی و کیفیت بخشی به زندگی مراجع از جهت روانی‌است. مشاور، در مشاوره‌های خانواده، شغلی، تحصیلی و توان‌بخشی نیز از مهارت‌های روان‌شناختی کمک می‌گیرد. مشاوره اطلاعاتی و مشاوره ژنتیک نیز از انواع مشاوره اند که ارتباط مستقیم و مشخصی با روان‌شناسی ندارند.

  • انواع مشاوره 

  1.  مشاوره تحصیلی 
    مشاوره تحصیلی مجموعه ی فعالیت هایی است که از طرف مشاور به منظور رفع مشکلات تحصیلی مراجعان صورت می گیرد .
  2.  مشاوره شغلی 
    این نوع مشاوره به منظور رفع مشکلات مراجعان در زمینه مشاغل و انواع و شغل متناسب و … صورت می گیرد.
  3.  مشاوره خانوادگی 
    مشکلات خانوادگی مانع تحقق استعداد های اعضای خانواده شده و سبب بروز نابسامانی های روانی و مشکلات رفتاری را فراهم می آورد،مشاور خانواده با کمک مراجع سعی در رفع این مشکلات و بهبود هرچه بهتر اوضاع را ایجاد می کند.
  4. مشاوره بهداشتی 
    در این نوع مشاوره با هدف کاهش یا رفع عوارض مشکلات جسمانی یا روانی صورت می گیرد.
  5. مشاوره سازشی 
    در این نوع مشاوره، به افرادی که ناتوان از سازگاری با خود ، دیگران و محیط هستند کمک می شود تا مشکلات آنها رفع و بهبود گردد.

در مطالب بعدی، سایت ویستاژن مشاوره تحصیلی و اهمیت آن را به طور تخصصی تر مورد بررسی قرار خواهد داد…

 

گردآوری: جناب آقای حسن مسرور

vistagene vistagene

سایت ویستاژن در این مطلب یک نمونه  گزارش کار آزمایشگاه مبانی گیاه شناسی را برای شما در نظر گرفته است؛ تا علاوه بر آموزش نحوه نوشتن  گزارش کار آزمایشگاه ، اطلاعاتی نیز در مورد سلول و بافت گیاهی در اختیار شما عزیزان قرار دهیم.

نحوه نوشتن صحیح گزارش کار آزمایشگاه 

آزمایش شماره : 《1》

شماره گروه : _

نام و نام خانوادگی : _

نام استاد : _

نام آزمایش : مشاهده سلول گیاهی و پدیده تورژسانس و پلاسمولیز

ساعت کلاس: _

تاریخ انجام آزمایش: _

تاریخ تحویل آزمایش: _

مقدمه

در آزمایش “مشاهده سلول گیاهی” بین دیواره سلولی و دیواره سیتوپلاسمی فاصله و فضایی وجود ندارد و لذا تفکیک بین این دو عملا غیر ممکن به نظر میرسد. دلیل این موضوع پدیده اسمز و نهایتا فشار آب درون سلولی (پتانسیل فشاری آب) است که باعث نزدیک شدن و چسبیدن پلاسمالما به دیواره سلولی می شود.

اپیدرم 

اپیدرم یا روپوست لایه بیرونی پوست است.اپیدرم مرزبندی اصلی در سطح بدن گیاه و یا جانور است و آن را در برابر محیط ایمن می کند.سلول های اپیدرمی سلول های پارانشیمی تخصص یافته هستند که زنده اند ولی دارای واکوئل و فاقد کلروپلاست هستند. (در فلس پیاز واکوئل رنگدانه آنتوسیانین را دارد.)

پدیده تورژسانس 

سلول در چنین محیطی آب جذب نموده و متورم می شود. چون در این شرایط فشار اسمزی سلول بالاتر از محیط اطراف آن می باشد و همیشه فشار اسمزی بالا، جاذب آب است؛ بنابراین سلول تمایل به جذب آب دارد.

پدیده پلاسمولیز 

سلول در چنین محیطی آب از دست داده و چروکیده می شود. چون در این شرایط فشار اسمزی محیط بالاتر از داخل سلول می باشد؛ بنابراین محیط جهت تعدیل فشار اسمزی آب مورد نیاز خود را از سلول می گیرد.

 

هدف آزمایش (معمولا با نام آزمایش یکی می باشد)

آشنایی با ساختمان سلولی گیاه و آشنایی با مفهوم تورژسانس و پلاسمولیز

وسایل مورد نیاز

میکروسکوپ نوری _ لام _ لامل _ شیشه ساعت _ تیغ _ قطره چکان _ آب مقطر _ آب نمک(محلول NaCl) _ پیاز(ترجیحا پیاز بنفش رنگ)

مراحل انجام آزمایش

در آزمایش اول ابتدا یک لایه پیاز را بر می داریم و با کمک تیغ اپیدرم آن را جدا می کنیم ؛ سپس روی شیشه لام یک قطره آب مقطر قرار می دهیم و بخش ۰کوچکی از اپیدرم را روی لام قرار می دهیم.سپس یه لامل را روی آن گذاشته و لام را زیر میکروسکوپ تنظیم میکنیم و بیانگر پدیده تورژسانس است.
برای مشاهده نمونه،ابتدا از عدسی با درست نمایی 4 استفاده میکنیم و بعد از میتوانیم به ترتیب از عدسی با قدرت 10 و 40 استفاده کنیم.
(▪️نکته:در آزمایشگاه هایی که برای آموزش دانشجویان مورد استفاده قرار می گیرد به ندرت از عدسی 100 استفاده می شود.)
در آزمایش دوم با استفاده از قطره چکان دو یا سه قطره آب نمک غلیظ در یک طرف لام قرار می دهیم و مطابق آزمایش قبلی، بخش کوچکی از اپیدرم پیاز را روی لامل که حاوی آب نمک غلیظ است قرار می دهیم و سپس بعد از چند دقیقه لامل را روی شیشه لام قرار می دهیم و آن را زیر میکروسکوپ تنظیم میکنیم.
زمانیکه آب نمک زیر لامل کشیده می شود محیط غلیظ ایجاد نموده که این امر موجب از دست دادن آب سلول ها و درنتیجه جداشدن غشایی پلاسمایی از دیواره سلولی می شود که بیانگر پدیده پلاسمولیز است.
▪️نکته :حال اگر با قطره چکان چند قطره آب خالص کنار لامل قرار دهیم محیط اطراف سلول ها رقیق شده که این امر باعث چسبیدن غشایی پلاسمایی به دیواره سلولی می شود و تورژسانس را می دهد.

نتایج کار و ترسیم مشاهدات

پس از انجام آزمایش اول مشاهده می‌کنیم تورم در سلول ایجاد شده که در این حالت فشاری به دیواره سلولی این فشار غشای پلاسمایی را محکم به دیواره سلولی چسبانده و در نتیجه سلول سخت ومحکم شده است و سلول های گیاه به صورت فشرده در کنار هم قرار دارند،این پدیده تورژسانس نام دارد.

 

 

 

پس از انجام آزمایش دوم مشاهده می کنیم غشای پلاسمایی در بعضی نقاط از دیواره سلولی جدا شده که در چنین حالتی سلولها شادابی وتردی خود را از دست می دهند. این پدیده که عمل عکس تورژسانس به حساب می‌آید، پلاسمولیز می‌گویند.

 

 

 

● سوالات مربوط به آزمایش

1.چرا در آزمایش به جای پیاز بنفش از پیاز سفید استفاده نکردیم؟!
در این آزمایش از پیاز سفید رنگ هم می توانستیم استفاده کنیم اما یک مرحله به مراحل قبلی آزمایش افزوده می شد که باید پیاز را در محلول رنگی لوگل قرار می دادیم تا سلول رنگ آمیزی شود و برای سهولت کار از پیاز بنفش استفاده کردیم.

2. برای مشاهده نمونه با عدسی 100 چه باید کرد ؟!
هنگام استفاده از عدسی 100 باید از روغن ایمرسون استفاده کنیم و در صورتی که از این روغن استفاده نکنیم،هوا با ضریب شکست بالایش باعث پراکنده شدن پرتوها می شود و به علت فاصله کانونی عدسی،نور چندانی به آن نمی رسد.
همچنین استفاده از روغن ایمرسون باعث می شود که عدسی چشمی 100 از نمونه فاصله گرفته و از آسیب رسیدن به نمونه و عدسی جلوگیری می شود.
بعد از اتمام کار با عدسی 100 باید آن را با گریس تمیز نمود،زیرا در غیر این صورت روغن روی عدسی خشک می شود.

گردآورنده: جناب آقای حسن مسروری

 

vistagene vistagene 

سایت ویستاژن در این مقاله به توضیح روش کشت بافت پرداخته است.

کشت بافت 

کاربرد روش های کشت آزمایشگاهی دانشمندان را قادر ساخته که سلول ها و بافت ها و یا اندام ها را از ارگانیسم مادری جدا کنند و آن ها را به عنوان واحدهای زیستی ایزوله شده در تحقیقات بعدی مورد بررسی قرار دهند. یک سلول ، برای اینکه بتواند در محیط کشت سلولی استفاده شود باید دارای قدرت تقسیم خود به خود باشد و این مورد امکان پذیر نیست مگر اینکه منبع کامل و دست نخورده کروموزومی داشته باشند در غیر این صورت نیاز به تحریک محیطی می‌باشد.

  • شرایط محیطی مناسب برای کشت دادن 

          1. استریل بودن محیط کشت 

اکثر میکروارگانیسم ها خیلی سریع تر از سلول های مورد نظر در محیط کشت رشد می‌کنند و در طی رشد خود نیز باعث تولید مواد سمی می شوند.

          2. لوله‌های کشت و سوبستراها 

      اثبات شده است که سلول های روی یک سطح با بار منفی به بهترین نحو ممکن رشد می‌کنند.

        3. محیط کشت و مواد افزودنی

هر محیط کشت ، نیاز به یک محلول نمکی نرمال دارد که برای کشت طولانی مدت ، مواد خاص پایدار دیگر افزوده شود.

        4.  مقدار PH محیط کشت 

میزان PH به محیط گازی کشت بستگی دارد .

       5.  درجه حرارت 

هر چه دمای محیط کشت بالاتر باشد، میزان رشد نیز بیشتر است تا اینکه به یک دمایی برسد که از آن دما بالاتر موجب انهدام سلولی شود.

      6. گازهای محیط کشت 

مرتبط با ترکیب های گازی مخصوصا دی اکسید کربن و اکسیژن می باشد.

 

 

کشت بافت

 انواع کشت بافت

  • کشت آمنیوسنتز (مایو آمنیونی) 

این نوع کشت در هفته‌های چهاردهم حاملگی و بعد از آن صورت می‌گیرد. مقدار حجم متناسب برای کشت سلولی 20 میلی لیتر می‌باشد. به طوری که دو مقدار مساوی 10 میلی‌لیتری از آن را برای بالا بردن درصد اطمینان در محیط های مختلف قرار می گیرد.
نمونه‌های بدست آمده را به دو قسمت تقسیم کرده بعد سانتریفوژ می‌نمایند. مایع آمنیونی تا 24 الی 48 ساعت بعد از نمونه برداری قابل کشت می‌باشد (در صورتی است که نمونه در یخچال نگهداری شود).

  • کشتهای بافت توده‌ای 

      1.پوست

از فرد بیمار ، پوستی به ضخامت 1 میلی متر و به قطر 4 میلی متر گرفته می شود، سپس چربی پوست را برطرف نموده و در محیط شستشو بلافاصله شسته می شود و یک شب در آن غوطه‌ور می‌کنند. نمونه‌های بزرگ تر معمولا از اجساد بدست می‌آید.

      2. جنین مرده

نمونه برداری از جنین و یا اینکه از کیسه جنینی انجام می‌گیرد.

     3. نمونه‌های ویلی کوریونی (CVS): در این روش باید دقت کرد که آلودگی سلول مادری در محیط کشت ایجاد نشود.

      4.محصولات حاملگی

این مورد برای مواد تخلیه شده از رحم بعد از پایان حاملگی اولیه و یا مواد حاصل از سقط خود به خودی بعد از سقط اولیه مورد استفاده قرار می گیرد .

  • کشت لنفوسیت 

گزارش اولیه در مورد تقسیم لکوسیت های خون محیطی در آزمایشگاه به سال 1915 برمی‌گردد.راحت‌ترین بافت قابل دسترسی خون محیطی می‌باشد که برای بررسی های کروموزومی در تشخیص سندروم های مختلف مورد استفاده قرار می گیرد و حتی این نوع محیط کشت ، به طراحی نقشه ژنی انسان نیز کمک شایان و قاب توجهی کرده است.

  • کشت سلول های هیبرید شده 

سلول ها در صورتی که همراه با ویروس کشته شده ،یا پلی اتیلن گلیکول کشت شوند باهم آمیزش می کنند، مانند هیبرید سلول انسان و سلول موش.
بخشی از سلول های ادغام شده، تا مرحله آمیزش هسته پیش می‌روند و قسمتی تا مرحله تقسیم سلولی هم پیشرفت می‌کند. به این صورت که هر دو سری از کروموزوم ها باهم تکثیر می شوند و سبب ایجاد یک آمیخته می شوند.
در برخی از این آمیخته‌ها ، یک سری از کروموزوم ها رفته رفته از بین می‌روند، مثل: کروموزومهای انسان. اما تعدادی از این کروموزوم ها باقی می‌مانند، که برای باقی ماندن مجبور به نوترکیبی با سری کروموزومی اند که باقی می‌ماند. چون درصد سلولهای آمیخته (هیبرید شده) زنده بسیار کم خواهد بود بنابراین به محیط ها کشت انتخابی نیاز است که شرایط زیست و زندگی را برای سلولهای آمیخته فراهم کند.

  • کشت سلول های ویژه مثل سلول های توموری

کشت سلول های توموری مثل کشت سلول های برخی بافت های اختصاصی بدن با اشکالاتی مواجه خواهد بود. ایجاد یک محیط کشت انتخابی برای سلول های توموری ، چندان پیشرفت نکرده است چرا که علی رغم رشد سریع توموری در موجود زنده ، این سلول ها در محیط آزمایشگاهی چندان رشد نمی‌کنند که این به دلیل استقلال سلول های توموری و عدم کنترل تکثیر آنها می‌باشد. اما با این وجود، توانسته اند با ایجاد شرایط تقریبا مساعد غذایی و هورمونی، ادامه حیات سلولهای توموری را در حد مطلوب یا در حد نگهداری قسمتی از سلول های کشت شده ممکن سازند.

 

●کاربرد کشت بافت 
  1. _بررسی فعالیت های درون سلولی مانند حرکت RNA از هسته به سمت سیتوپلاسم
  2. بررسی فعالیت بین سلولی مانند ساخت پروتئی
  3. بوم شناسی یا اکولوژی سلول های خاص (روابط موجود زنده با محیط) همچون دگرگونی در اثر عوامل بیماری زا
  4. تهیه واکسن های ویروسی
  5. بررسی موارد مربوط به خود سلول مانند : چگونگی چسبندگی به سلول های دیگر
  6. تشخیص سرطان ها
  7. بررسی واکنش های ایمنی مثلا با تولید پروتئین های مونوکلونال
  8. آنالیز ژنتیکی

گردآورنده: جناب آقای حسن مسرور

ویستاژن vistagene vista gene

 

بیست و یکمین کنگره بین المللی میکروب شناسی ایران در تاریخ ۲۸ مرداد ۱۳۹۹ توسط انجمن میکروب شناسی ایران در شهر تهران برگزار خواهد شد.با توجه به اینکه این همایش به صورت رسمی برگزار می گردد، کلیه مقالات این کنفرانس در پایگاه سیویلیکا و نیز کنسرسیوم محتوای ملی نمایه خواهد شد و شما می توانید با اطمینان کامل، مقالات خود را در این همایش ارائه نموده و از امتیازات علمی ارائه مقاله کنفرانس با دریافت گواهی کنفرانس استفاده نمایید.

 

محور های همایش 

روش های نوین در تشخیص میکروب شناسی بالینی
روش های کنترل و کاهش مقاومت های آنتی بیوتیکی
کنترل عفونت های بیمارستانی
میکروبیوتا
چالش های موجود در واکسن های میکروبی

درمان های جایگرینی و نوین در عفونت های میکروبی
بیماری های نو پدید و بازپدید
بیماری های مشترک انسان و دام (چالش تولید واکسن)
نقش آزمایشگاه میکروبشناسی پزشکی در بلایای طبیعی
نانو  تکنولوژی میکروبی

میکروبیولوژِی مواد غذایی
کانسر و میکروب
پروبیوتیک و پربیوتیک
میکروبیولوژی آب و پساب
کار آفرینی و ارتباط با صنعت

 

ارتباط با دبیرخانه کنفرانس

 

تلفن دبیرخانه: ۲۱۸۸۶۳۲۴۵۶
آدرس پستی دبیرخانه: تهران، خیابان کارگر شمالی، روبروی مرکز قلب، خیابان مجد،پلاک ۱۵ واحد ۲
ایمیل: congress@ismcongress.ir
وبسایت: پایگاه رسمی کنفرانس

_SPONSOREDALT

اطلاعات مهم کنفرانس

تاریخ برگزاری: ۲۸ مرداد ۱۳۹۹
تاریخ میلادی: 2020-08-18
مهلت ارسال اصل مقاله: ۱۳۹۹/۴/۱
مهلت ثبت نام: ۱۳۹۹/۵/۲۸

برگزار کننده: انجمن میکروب شناسی ایران
انجمن علمی: انجمن علمی میکروبشناسی ایران

محل برگزاری همایش: شهر تهران

توجه : با توجه به شیوع بیماری کرونا وضعیت برگزاری مشخص نیست.برای کسب اطلاعات بیشتر با دبیرخانه کنفرانس تماس حاصل فرمایید.

سایت ویستاژن مسیولیتی در قبال کنسل شدن کنگره نخواهد داشت.

رفرنس

سایت ویستاژن در این مطلب به توضیح رشته ژنتیک پرداخته است.

ژنتیک (Genetics)

پروفسور «F. Bieber» استاد دانشگاه هاروارد،در رابطه با علم ژنتیک می گوید: «زمانی فکر می‌کردم که ژنتیک زیرمجموعه‌ای از علم پزشکی است، اما اکنون بر این باورم که پزشکی شاخه از علم ژنتیک است.»

به صورت اجمالی می توان گفت که علم ژنتیک انتقال صفات وراثتی از والدین به فرزندان را مورد بحث قرار می دهد تا بگوید چه مکانیزم های مولکولی زا عوامل انتقال صفات از نسلی به نسل دیگر می باشد.
در ژنتیک همه چیز فقط منتهی به بیماری ها نمی‌شود و می توان آینده‌ای را تصور کرد که در آن از رنگ چشم و پوست و مو تا قد و هوش فرزند خود را انتخاب کرد ، این تکنیک در ویرایش و دستکاری ژنوم ، به نام کریسپر (CRISPR) نام دارد که باعث شده است این رویای دیرینه بشر به وقوع بپیوندد…

●رشته ژنتیک برای ادامه تحصیل شامل چه گرایش هایی می باشد؟!

این سوال،یکی از مهم ترین سوال ها است که جواب دادن به آن بسیار حائز اهمیت می باشد . برای کنکور کارشناسی ارشد دو راه پیش‌روی شما است

1. وزارت علوم

2. وزرات بهداشت

بسیاری از دانشجویان رشته های زیست شناسی سلولی مولکولی و علوم آزمایشگاهی ، کنکور وزارت بهداشت را انتخاب می‌کنند و دلیل این انتخاب چیزی جز آینده روشن تر نیست…
پرطرفدارترین رشته‌های وزارت بهداشت که دانشجویان برای قبولی در آن‌ها وارد رقابتی بسیار سنگین و نفس گیر می‌شوند به شرح زیر می باشد 

▪️مجموعه علوم آزمایشگاهی (1)

    شامل رشته‌های بیوتکنولوژی پزشکی ، بیوشیمی بالینی و ژنتیک انسانی است.

▪️مجموعه علوم آزمایشگاهی (2)

  شامل رشته‌های ایمونولوژی(ایمنی شناسی)پزشکی و هماتولوژی(خون شناسی) می باشد.

▪️مجموعه علوم آزمایشگاهی (3)

    شامل انگل شناسی، قارچ شناسی، میکروبیولوژی و ویروس شناسی می باشد.

در این میان رشته‌های بیوشیمی بالینی، ژنتیک انسانی و هماتولوژی دارای بیشترین داوطلب هستند.
حال میخواهیم که توضیحی کوتاه در مورد ژنتیک انسانی ارائه دهیم ؛ با گذراندن مقطع ارشد و دکتری در ژنتیک پزشکی (ژنتیک انسانی)، مهر نظام پزشکی به شما تعلق می گیرد (که البته چهار-پنج سالی است اعطای آن با مشکل موقتی مواجه شده، اما تلاش‌ها در جهت رفع آن در جریان می باشد) و با آن قادر خواهید بود که مطبی برای مشاوره ژنتیک یا آزمایشگاهی برای انجام تحقیقات مربوطه تاسیس کنید.
البته ظرفیت بسیار پایین قبولی در وزارت بهداشت (حدود 150 تا 200 نفر برای مجموعه علوم آزمایشگاهی 1) باعث شده قبولی در آن بسیار سخت و دشوار شود…

●کنکور وزارت علوم و وزارت بهداشت چه تفاوتی دارند؟

اولین تفاوت کنکور وزارت بهداشت و وزارت علوم در تعداد دروسی است که قرار است از آن‌ها آزمون گرفته شود. به طور مثال، برای رشته ژنتیک پزشکی (وزارت بهداشت) 4 درس ژنتیک، بیوشیمی ، زیست سلولی مولکولی و زبان تخصصی پزشکی شامل آزمون خواهند بود؛ اما برای مهندسی ژنتیک (وزارت علوم) دروس زبان تخصصی، مجموعه زیست شناسی (شامل میکروبیولوژی ، اکولوژی ، بیوفیزیک ، بیوشیمی ، تکامل ، زیست گیاهی ، زیست جانوری و زیست سلولی مولکولی) ، ژنتیک، در آزمون دخیل هستند.

تفاوت دوم در ظرفیت پذیرش دانشگاه‌ها می باشد. همان‌طور که اشاره شد ، وزارت بهداشت برای جلوگیری از اشباع شدن رشته‌های خود ، اقدام به پایین آوردن و کاهش تعداد ظرفیت پذیرش کرده است اما در وزارت علوم خبری از این سیاست کاهش ظرفیت نیست.

اگر به کارهای تحقیقاتی علاقه‌مند هستید و مایلید که هر روز با یک چالش جدید روبرو شوید، این رشته(ژنتیک) برای شما مناسب می باشد. یک محقق ، باید با انرژی پایان ناپذیر خود مسائل پیشِ رویش را در ابعاد مختلف بررسی کند و ترسی از مشکلات سخت و طاقت فرسا نداشته باشد؛ چراکه این مشکلات شیرین‌ترین بخش کارهای تحقیقاتی هستند.

●موقعیت‌ شغلی‌ و بازار کار رشته ژنتیک در ایران به چه صورت است؟

ژنتیک‌ در ایران‌ هنوز در ابتدای‌ راه‌ است‌ و باید بسیار تلاش‌ کرد و کم و کاستی‌ها را جبران‌ نمود و موانع‌ را از پیش راه برداشت‌ تا بتوان‌ شاهد رشد روزافزون‌ این علم‌ در ایران‌ بود. البته‌ این‌ به‌ آن‌ معنی‌ نیست‌ که‌ در کشور ما تحقیقات‌ ژنتیکی‌ انجام‌ نمی گیرد و فارغ التحصیلان‌ این‌ رشته‌ جذب‌ هیچ‌ مرکزی‌ نمی شوند ، بلکه‌ سازمان‌های‌ مختلفی‌ هستند که‌ به‌ فعالیت های‌ تحقیقاتی‌ ژنتیکی‌ می پردازند. از جمله‌ این سازمان ها می‌توان‌ به‌ مراکز مختلف‌ :وزارت‌ جهاد کشاورزی‌، مراکز پژوهشی‌ وزارت‌ علوم‌، انستیتو پاستور، مرکز ملی‌ تحقیقات‌ مهندسی‌ ژنتیک‌ و تکنولوژی‌ زیستی‌ و … اشاره‌ کرد.

فرصت‌های‌ شغلی‌ موجود برای‌ فارغ‌ التحصیلان‌ ژنتیک‌ انسانی (در مقطع‌ کارشناسی‌ ارشد) این‌ افراد می‌توانند در مراکز تحقیقاتی‌ وزارت‌ بهداشت فعالیت‌ کرده و سیستم‌های‌ پیشگیری‌ و درمان‌ بیماری های‌ ژنتیکی‌ را راه‌ اندازی‌ کنند و از بروز این‌ دسته‌ از بیماری های‌ ژنتیکی‌ جلوگیری‌ کنند . همچنین‌ می توانند در پیشگیری‌ و درمان‌ بیماران‌ ژنتیکی‌ نیز مؤثر باشند. در ضمن‌ فارغ‌ التحصیلان‌ این‌ رشته‌ در پزشک‌ قانونی‌ نیز می توانند حضوری‌ فعال‌ داشته‌ باشند . فارغ التحصیلان‌ کارشناسی‌ ارشد می توانند بهترین‌ نیرو برای‌ فعالیت‌ و کار کردن در آزمایشگاههای‌ ژنتیک‌ باشند ؛ زیرا این‌ دسته‌ آزمایش ها بسیار تخصصی‌ بوده‌ و متخصصان‌ ژنتیک‌ باید در این‌ زمینه‌ فعالیت‌ کنند.

در حال‌ حاضر فارغ‌ التحصیلان‌ این‌ رشته‌ در مقطع‌ دکترا می توانند به‌ ویژه‌ در بخش‌ خصوصی‌ با دایر کردن‌ آزمایشگاه‌ و کلینیک‌ ژنتیک‌ پزشکی‌ فعالیت‌ چشمگیری‌ داشته‌ باشند.
در صورت گرفتن مدرک دکتری در این رشته از وزارت بهداشت می توانید مجوز آزمایشگاه دریافت کنید.

●امکان ادامه تحصیل در رشته ژنتیک در داخل ایران چگونه است؟

هر دو رشته در ایران تا مقطع ارشد و دکتری قابل ادامه دادن می باشند. همچنین دانشگاه‌هایی همچون : دانشگاه تهران، شهید بهشتی، بقیه الله، تربیت مدرس، اصفهان، شیراز و مشهد و … از جمله بهترین دانشگاه‌های کشور برای ادامه تحصیل در هر سه مقطع(کارشناسی،ارشد و دکتری) به حساب می‌آیند.

●امکان ادامه تحصیل در رشته ژنتیک در خارج از کشور نیز به چه صورت است؟

بهترین کشور مناسب رشته ژنتیک برای مهاجرت ایالات متحده آمریکا(U.S) است. اما با توجه به قوانین فعلی، گرفتن پذیرش و مهاجرت به این کشور کار بسیار سخت و دشواری محسوب می‌شود. مقصد بعدی برای مهاجرت کشور کانادا و کشورهای اروپایی مثل آلمان، اتریش و دانمارک هستند و در وهله بعد کشورهایی همچون سنگاپور، چین، استرالیا، روسیه و … را نیز می‌توان مدنظر داشت.
به علاقه‌مندان به مهاجرت، توصیه می‌شود که سعی کنند مقطع ارشد خود را در یک دانشگاه خوب در ایران به اتمام برسانند و سپس رزومه خود را پربارتر کرده و برای دکتری اپلای کنند. به خاطر داشته باشید مقاله خوب و تسلط بر زبان انگلیسی برگ برنده افراد برای مهاجرت نسبت به سایرین حساب می‌آید…

سخن پایانی در رابطه با معرفی رشته ژنتیک ، اگر که مایل به کارهای تحقیقاتی هستید، بهتر است وزارت علوم را انتخاب کنید؛ چراکه تمرکز بیشتری بر افزایش بار علمی برای توسعه ایده ها و انجام طرح‌های تحقیقاتی دارد ، اما در صورتی که انجام کارهای درمانی بیشتر برایتان خوشایند می باشد ، بهتر است که کنکور وزارت بهداشت را انتخاب کنید. البته مطلب بالا به این معنا نیست که دانشجویان وزارت بهداشت خروجی تحقیقاتی ندارند؛ بلکه منظور این است که رشته‌های این وزارتخانه بیشتر به کار درمان بالینی نزدیک هستند.

گردآورنده : جناب آقای حسن مسرور

ویستا ژن ویستاژن    vistagene vistagene

سایت ویستاژن به توضیح روش استخراج DNA از باکتری و پروتکل آن پرداخته است.

به طور کلی باکتری ها به  دو دسته گرم مثبت و گرم منفی تقسیم می شوند. این تقسیم بندی به دلیل تفاوت در ساختار دیواره سلولی و نوع رنگ پذیری آنها صورت گرفته است. باکتری های گرم مثبت دارای لایه ضخیمی از پپتید و گلیکان در دیواره سلولی خود هستند ولی باکتری های گرم منفی لایه نازکی از پپتید و گلیکان در دیواره سلولی خود دارند لذا مقاومت کمتری نسبت به گرم مثبت ها دارند.

بررسی ژنتیکی باکتری ها نشان داده آنها هاپلوید بوده و تنها یک نسخه DNA حلقوی دارند.

اصول استخراج DNA در تمام سویه ها یکسان است که شامل تخریب غشا، رسوب مرحله ای ناخالصی ها و نهایتا استخراج DNA خالص است.

دو روش برای استخراج DNA وجود دارد

  1. روش فیزیکی: شامل استفاده از حرارت،انجماد، فشار اسمزی و …..
  2. روش شیمیایی: شامل استفاده از آنزیم ها، دترجنت ها و بافرهای خاص می باشد.
  3. در استخراج DNA از باکتری ها باید از روشی استفاده کنیم که کمترین آسیب به DNA که فاقد غشا هسته است وارد شود.

روش فیزیکی:

مزیت این روش ارزان تر بودن آن است و همچنین ریسک آسیب به DNA را نسبت به روش شیمیایی با استفاده از آنزیم ها کمتر می کند.

مواد و لوازم مورد نیاز

سوسپانسیون باکتریایی

بافرTBE

بافر TE

آّب

سانتریفیوژ

بن ماری

سمپلر

ویال

کاغذ صافی

روش انجام آزمایش

ابتدا به وسیله سمپلر 500 میکرولیتر از سوسپانسیون باکتری را در ویال ریخته و به مدت 5 دقیقه با دور rpm10000 سانتریفیوژ می کنیم. رسوب بدست آمده حاوی باکتری های زنده است و فاز مایع رویی حاوی باکتری های مرده که دور ریخته می شود.

در مرحله بعد 300 میکرولیتر بافر TBE به رسوب موجود در ویال افزوده و به مدت 5 دقیقه با دور rpm 10000 سانتریفیوژ می شود. بافر TBE باعث تغییر PH در اطراف محیط DNA می شود و همین تغییر PH باعث فشرده تر شدن DNA می شود. این فشردگی DNA باعث می شود تا در اثر سانتریفیوژ آسیب نبیند. رسوب حاصل که بر اثر دریافت بافر سنگین و ته نشین شده را نگه می داریم و فاز مایع که حاوی باکتری های زنده فاقد بافر است را دور می ریزیم.

میزان 400 میکرولیر آب را در ویال ریخته و به مدت 20 دقیقه در بن ماری 80 درجه قرار می دهیم. استفاده از آب سبب پخش گرما به طور یکنواخت به تمام قسمت های ویال می شود.

سپس ویال را به مدت 3 دقیقه با دور rpm 10000 سانتریفیوژ میکنیم. رسوب حاویDNA  و RNA و پروتیین ها را نگه داشته و فاز مایع رویی حاوی غشا خارجی سیتوپلاسم  و اندامک ها را دور می ریزیم.

تا اینجا به دلیل استفاده زیاد از سانتریفیوژ و بن ماری غشا خارجی باکتری ها شکنده و ضعیف شده است و از طرفی برخورد باکتری ها به یکدیگر و فشار محتویات سیتوپلاسم به دیواره در طی سانتریفیوژ منجر به لیز دیواره و آزاد شدن DNA در محیط می شود. یعنی عملا از هیچگونه آنزیمی برای لیز دیواره استفاده نکردیم.

در مرحله آخر جهت تخلیص DNA و RNA و پروتیین ها، رسوب را به ویال فیلتردار منتقل می کنیم. ویال فیلتر دار دارای بار مثبت است و DNA چون بار منفی دارد، به ویال می چسبد و اتصالی قوی با آن پیدا میکند. برای لیز RNA و پروتیین های موجود در ویال فیلتر دار، می توان از آنزیم RNAase و پروتیاز استفاده کنیم. سپس با استفاده از بافر TE،می توان DNA تخلیص شده را به صورت سوسپانسیون درآورد و برای عمل PCR  و کارهای تحقیقاتی بعدی خفظ کرد.

سایت ویستاژن لغت نامه مهندسی ژنتیک از کتاب کلون سازی ژن ها و آنالیز DNA  نوشته پروفسور براون را در اختیار شما عزیزان قرار داده است.

آدنوویروس : (Adenovirus)  : ویروس جانوری که از مشتقات آن برای کلون کردن ژن­ها در سلول­های پستانداران استفاده می­شود .

آرایش فضایی : (Conformation) : سازمان­یابی فضایی یک مولکول . اشکال خطی و حلقوی ، آرایش­های فضایی ممکن برای پلی­نوکلئوتیدها هستند .

آگروباکتریوم تومه ­فاشینس : (Agrobacterium tumefaciens) : باکتری خاکزی که اگر دارای پلاسمید Ti باشد می­تواند در تعدادی از گونه­های گیاهان دو لپه­ای ایجاد گال تاجی کند .

آنتی سنس RNA:    

آنالیز پیوستگی RFLP :

(RFLP Linkage analysis) : روشی است که از RFLP به عنوان نشانگری برای حضور یک الل خاص در نمونه DNA استفاده می­کند . اغلب از این روش برای غربالگری افرادی که حامل ژن معیوب عامل یک بیماری ژنتیکی هستند ، استفاده می­شود .

آنالیز حذف : ( Deletion analysis) : شناسایی توالی­های کنترل کننده یک ژن با مشخص کردن اثر حذف ناحیه خاصی از فرادست ژن بر بیان آن .

آنالیز با آنزیم ­های محدودگر : (Restriction analysis) : تعیین تعداد و اندازه قطعات DNA حاصل از برش یک قطعه DNA با یک آنزیم محدودگر.

آنزیم­ های محدودگر : (Restriction endonuclease) : اندنوکلئازهایی هستند که مولکول­های DNA را تنها در توالی­های نوکلئوتیدی خاص می­برند .

آنیلینگ : (Annealing) : اتصال یک الیگونوکلئوتید به یک مولکول DNA تک رشتهآی از طریق هیبرید شدن با آن .

ابرمارپیچ : (Supercoiled) : آرایش فضایی DNA حلقوی که در اثر فشار کششی به شکلی شبیه سیم تلفن در می­آید .

اِپی زوم : (Episome) : پلاسمیدی که می-تواند درون کروموزوم سلول میزبان وارد شود .

اتورادیوگرافی : (Autoradiography) : روشی برای ظاهر سازی مولکول­هایی که با مواد رادیواکتیو نشاندار شده­اند. در این روش از یک فیلم عکاسی حساس به اشعه X استفاده می­شود .

اتیدیوم برماید : (Ethidium bromide) : یک ماده شیمیایی فلورسنت که میان جفت بازهای مولکول DNA دورشته­ای وارد می­شود و از آن برای تشخیص DNA استفاده می­شود .

اثر جایگاهی : (Positional effect) :  تفاوت در میزان بیان ژن­هایی که در جایگاه­های مختلفی از ژنوم کلون شده­اند .

ارزیابی تداخل ناشی از تغییر : ( Modification interference assay) : روشی است که از تغییرات شیمیایی برای مشخص کردن نوکلئوتیدهای درگیر در برهم کنش­های DNA با پروتئین متصل شونده به آن سود می­جوید.

اِسفروپلاست : (Sphaeroplast) : سلولی که بخش­هایی که از دیواره سلولی­اش را از دست داده است .

اضافه کردن ژن : (Gene addition ) : از استراتژی­های مهندسی ژنتیک که شامل وارد کردن یک یا چند ژن جدید به درون یک موجود زنده است .

اگزوتروف : (Auxotroph) : میکروارگانیسم جهش یافته­ای که تنها در حضور ماده مغذی رشد می­کند که سویه وحشی از آن بی­نیاز است .

اگزونوکلئاز : (Exonuclease) : آنزیمی که نوکلئوتیدها را تک­تک از یک انتهای مولکول اسید نوکلئیک جدا می­کند .

القا : (Induction) : (1) در مورد یک ژن : روشن شدن بیان یک ژن یا چند ژن در پاسخ به حضور یک ماده شیمیایی یا تحریکات دیگر

(2) در مورد فاژ λ : خارج شدن ژنوم λ وارد شده به درون ژنوم باکتری و ورود آن به فاز لیتیک در پاسخ به یک ماده شیمیایی یا تحریکات دیگر .

الکتروپوریشن : (Electroporation ) : روشی برای افزایش جذب DNA توسط پروتوپلاست­ها از طریق اعمال ولتاژ بالا که موجب ایجاد سوراخ­های ریز موقت در غشای سلول می­شود .

الکتروفورز : (Electrophoresis) : جدا سازی مولکول­ها بر اساس نسبت بار به جرم آن­ها .

الکتروفورز با میدان الکتریکی متغیر عمود بر هم : (Orthogonal field altetnation gel electrophoresis (OFAGE)) : روش الکتروفورز روی ژل که از میدان الکتریکی نوسان­دار برای جداسازی قطعات بزرگ DNA استفاده می­شود .

الگو : (Template) : پلی­نوکلئوتیدها ( یا بخشی از یک پلی­نوکلئوتید) که ساخته شدن یک پلی نوکلئوتید مکمل را هدایت می­کند .

المثنی سازی : (Replica Plating) روشی که کلونی­ها رشد کرده روی پلیت آگاردار به پلیت جدیدی منتقل می­شوند ، به طوری که کلونی­ها جایگاه خود را در پلیت جدید نیز به همان ترتیبی که روی پلیت قبلی رشد کرده بودند ، حفظ می­کنند .

الیگونوکلئوتید : (Oligonucleotide) : مولکول DNA  کوچک ، مصنوعی و تک رشته­ای مثل آنهایی که به عنوان پرایمر در PCR یا توالی­یابی DNA استفادهمی­شوند .

انتخاب : (Selection) : جدا کردن کلونی که حامل مولکول DNA نوترکیب مورد نظر است .

انتخاب Lac :

(Lac selection) : روشی برای مشخص کردن باکتری­هایی نوترکیبی که دارای حامل­هایی هستند که ژن Lacz’ را دارند . باکتری­ها را روی محیط کشتی که دارای آنالوگ لاکتوز است ، کشت می­دهند که در صورت وجود فعالیت  β- گالاکتوزیدازی ، رنگ آبی ایجاد می­شود .

انتقال ساترن : (Southern transfer) : روشی برای انتقال نوارهای DNA از ژل آگارز به غشای نایلونی یا نیتروسلولزی .

انتقال مستقیم ژن : (Direct gene transfer) : فرایند کلون کردن بدون استفاده از حامل ، کهژن به درون کروموزوم وارد می­شود و می­تواند درون میزبان همانند سازی کند .

انتقال نورترن : (Northern transfer) : روشی برای انتقال نوارهای RNA از ژل /اگارز به غشای نایلونی یا نیتروسلولزی .

انتقال وسترن : (Western transfer) : روشی برای انتقال نوارهای پروتئینی از ژل الکتروفورز به غشای پایه.

انتقال هسته : (Nuclear transfer) : روشی برای ایجاد جانوران ترانس ژنیک که شامل انتقال هسته یک سلول سوماتیک به درون تخمکی است که هسته آن را قبلا درآورده­اند .

انتهای چسبنده : (Sticky end) : انتهای یک مولکول DNA دورشته­ای که یک بخش تک رشته­ای دارد .

انتهای تراز : (Blunt end or flush end ) : انتهای DNA که بخش تک رشته­ای ندارد .

انتهای ‘ 3 3′ terminua): ) : یکی از دو انتهای پلی نوکلئوتیدها که عبارت از گروه هیدروکسیل متصل به کربن ‘ 3 قند است .

انتهای ‘ 5 : ( 5′ terminus ) : یکی از دو انتهای پلی نوکلئوتیدها که عبارت از گروه فسفات متصل به کربن ‘ 5 قند است .

اندونوکلئاز : ( Endonuclease) : آنزیمی که پیوندی فسفودی استری درون یک مولکول لسید نوکلئیک را می­شکند .

انکلوزیون بادی­ ها : (  Inclusion body) : رسوبات بلوری یا نیمه بلوری درون سلول که اغلب حاوی مقادیر بالایی از پروتئین­های نا محلول هستند .

انگشت نگاری ژنتیکی : (Gene fingerprinting ) : روش هیبریداسیونی که توزیع ژنومی یک توالی تکراری بسیار متغیر پراکنده را مشخص می­کند . الگوی نوارهای ایجاد شده در این روش برای هر شخص کاملا اختصاصی است .

انگشت نگاری کلون : ( Clone fingerprinting) : روشی که در آن قطعات ِdna کلون شده را برای مشخص کردن آن­هایی که با هم ، هم­پوشانی دارند ، مقایسه می­کند .

اَویدین :(Avidin) : پروتئینی که تمایل بالایی به بیوتین دارد و در سیستم­هایی که بر مبنای پروب­های بیوتین­دار هستند استفاده می­شود .

باکتریوفاژ یا فاژ : (Bacteriophage or Phage) : ویروسی که میزبانش باکتری است . مولکول­های DNA باکتریوفاژها اغلب به عنوان حامل­های کلون کردن استفاده می­شود .

باکلوویروس : (Baculovirus) : ویروسی که به عنوان حامل کلون کردن برای تولید پروتئن­های نوترکیب در سلول­های حشرات استفاده می­شود .

برچسب توالی بیان شونده : (Expressed sequence tag (EST) ) : توالی کامل یا ناقص cDNA

بُرزنی چندژنی : (Multigene shuffling) : راهکاری برای تکامل هدایت شده که عبارت است از انتخاب بخش­هایی از هر یک از اعضای یک خانواده چندژنی و دوباره سر هم کردن بخش­هایی از آن­ها برای ایجاد ژن جدید.

بسته بندی آزمایشگاهی : (In vitro packaging  ) : ساخته شدن ذرات λعفونت­زا با تولید پروتئین­های کپسید λ و زنجیری از مولکول­های DNA که میان آنها جایگاه­های cos قرار گرفته است .

بلاست : (BLAST) : الگوریتمی که برای جستجوی شباهت­های توالی­های اسیدهای نوکلئیک یا پروتئین­ها استفاده می­شود .

بیوانفورماتیک : (Bioinformatics) : استفاده از روش­های کامپیوتری برای مطالع ژنوم .

بیوتکنولوژی : (Biotechnology) : استفاده از فرایندهای بیولوژیک در صنعت و تکنولوژی (فن آوری) .

بیوتین : ( Biotin) : مولکولی که امکان متصل کردن آن به dUTP وجود دارد . به این ترتیب می­توان پروب­های DNA  نشاندار شده­ای به دست آورد که رادیواکتیو نیستند .

بیولیستیک : (Biolistics) : وسیله­ای برای انتقال DNA  به درون سلول­ها . در این روش از بمباران سلول­ها با پرتابه­های میکروسکوپی آغشته به DNA استفاده می­شود .

پایپلوما ویروس­ها : (Papillomaviruses) : گروهی از ویروس­های پستانداران که از مشتقات آن به عنوان حامل­های کلون کردن استفاده می­شود .

پراکسیداز ترب : (Horseradish Peroxidase) : آنزیمی است که می­تواند با DNA کمپلکس تشکیل دهد . از آن برای نشاندار کردن غیر رادیواکتیو DNA استفاده می­شود .

پرایمر : (Primer) : الیگونوکلئوتید تک رشته­ای کوتاهی که هرگاه از طریق جفت کردن بازهایش به مولکول تک رشته­ای بچسبد ، به عنوان نقطه شروعی برای ساخته شدن رشته مکمل توسط DNA  پلیمراز عمل می­کند .

پذیرا ( مستعد ) : (Competent) : کشت باکتریایی تیمار شده­ای که توان دریافت DNA آن بالا رفته است .

پرکردن انتها : (End filling) : تبدیل انتهای چسبنده به انتهای تراز با آنزیمی که رشته مکمل ناحیه تک رشته­ای را می­سازد .

پروی هیبریداسیون : (Hybridization probe) : مولکول اسید نوکلئک نشانداری که می­توان از آن برای شناسایی مولکول­های مکمل یا همولوگ از طریق ایجاد هیبرید پایدار میان جفت بازها استفاده کرد .

پرتوپلاست : (Protoplast) : سلولی که دیواره سلولی آن کاملا برداشته شده است.

پروتئاز : (Protease) : آنزیمی که پروتئین­ها را هضم می­کند

پروتئوم : (Proteome) : محتوای پروتئینی یک سلول یا بافت .

پروتئومیکس : (Proteomics) : مجموعه روش­هایی برای مطالعه پروتئوم .

پروتئین A : (Protein A ) : یکی از پروتئین­های باکتری استافیلوکوکوس اورئوس که به طور اختصاصی به مولکول­های ایمونوگلوبین G ( که یک آنتی بادی است ) متصل می­شود .

پروتئین نوترکیب : (Recombinant protein) : پلی­پپتیدی که به عنوان محصول بیان یک ژن کلون شده در یک سلول نوترکیب تولید می­شود.

پروفاژ : (Prophage) : شکل ادغام شده مولکول DNA یا فاژ لیزوژن را گویند .

پروفایلینگ DNA  : (DNA profiling ) : یک روش PCR  که الل­های موجود در لوکوس­های متفاوت STR  در درون ژنوم را تعیین می­کند ، به این منظور که از اطلاعات DNA برای شناسایی افراد استفاده شود.

پروموتر : (Promoter) : توالی نوکلئوتیدی فرادست ژن که به عنوان نشانه­ای برای اتصال RNA پلیمراز عمل می­کند.

پروموتر ضعیف : (Weak promoter) : پروموتری با کارآیی اندک که ساخته شدن رونوشت­های RNA را در مقادیر اندک امکام­پذیر می­سازد .

پروموتر قوی : (Strong promoter) : پروموتر کارآمدی که با سرعت بالایی رونویسی شده و ساخته شدن RNA  را هدایت می­کند .

پساژنومیک : (Post-genomics) : مطالعاتی ه برای شناسایی تمام ژن­های ژنوم و عملکرد آن­ها انجام می­شود.

پلاسمید : (Plasmid) : قطعه DNA حلقوی که مستقل از کروموزوم میزبان است و اغلب در باکتری­ها و گاه در دیگر انواع سلول­ها مشاهده می­شود .

پلاسمید 2 میکرومتری : (2ᶣm plasmid)­ : پلاسمیدی که بطور طبیعی در مخمر ساکارومیسس سرویزیه وجود دارد و به عنوان پایه­ای برای مجموعه­ای از حامل­های کلون سازی بکار رفته است .

پلاسمید اپی­زومال مخمر : (Yeast episomal plasmid (Yep)) : حامل کلون­سازی مخمری که مبدا شروع همانندسازی کروموزوم 2 میکرومتری مخمر را دارد .

پلاسمید ادغام شونده مخمر : (Yeast integrative plasmid (Yip) ) : حامل مخمری که برای تکثیر ، وارد کروموزوم میزبان می­شود .

پلاسمید تکثیر شونده مخمر : (Yeast replicative plasmid (YRp)) : حامل مخمری که دارای مبدا همانندسازی کروموزومی است .

پلاسمید چند نسخه­ای : (Multicopy plasmid ) : پلاسمیدس که با تعداد نسخه­های بالایی در سلول وجود دارد .

پلاسمید غیرمسلح : (Disarmed plasmid) : پلاسمید Ti که برخی یا تمام ژن­های T-DNA از آن خارج شده است. بنابراین نمی­تواند موجب رشد سرطانی سلول­های گیاهی شود .

پلاسمید وسیع الطیف : (Broad host range plasmid) : پلاسمیدی که می­تواند در اواع متنوعی از میزبان­ها تکثیر شود .

پلاسمید Ri  : (Ri plasmid) : پلاسمید آگروباکتریوم ریزوژنز که شبیه پلاسمید Ti است و برای کلون کردن ژن در گیاهان عالی­تر استفاده می­شود .

پلاسمید : Ti ( Ti plasmid) : پلاسمید بزرگی که در سلول­های آگروباکتریوم تومه­فاشینس وجود دارد و می­تواند گل ناجی شکل را در تعدادی از گونه­های گیاهی ایجاد کند .

پلاک : (Plaque) : ترکیب پلی­مری که برای رسوب گذاری ماکرومولکول­ها و تجمعات مولکولی استفاده می­شود

پلی­اتیلیلن گلیکول : (polyethylene glycol) : ترکیب پلی­مری که برای رسوب گذاری ماکرومولکول­ها و تجمعات مولکولی استفاده می­شود .

پلی­لینکر : (Polylinker) : الیگونوکلئوتید دو رشته­ای صناعی که چندین جایگاه برش برای آنزیم­های محدودگر دارد .

پیلی : (Pilus) : از ساختارهای سطحی باکتری­های حاوی پلاسمید کونژوگه شونده است و به نظر می­رسد که DNA از طریق آن عبور می­کند .

تاخیر حرکت در ژل : (Gel retardation  ) : روشی که قطعه DNA متصل شده به یک پرونئین را با کاهش میزان حرکت آن در ژل الکتروفورز مشخص می­کند .

ناک­اوت ژن : (Gen knockout)  : روشی است که موجب غیر فعال شدن یک ژن می­شود . از این روش برای مشخص کردن عملکرد یک ژن استفاده می­شود .

تحلیل پیوستگی : (Linking analysis) : روشی است برای نقشه برداری جایگاه کروموزومی یک ژن با مقایسه الگوی توارثی آن با ژن­ها یا جایگاه­هایی که موقعیت آن­ها روی کروموزوم مشخص است .

تحلیل رو نوشت : (Transcript analysis) : آزمایش­هایی برای مشخص کردن بخشی از مولکول DNA  که به RNA رونویسی شده­اند .

تحلیل شجره نامه : (Pedigree analysis) : استفاده از شجرهنامه خانوادگی انسان برای تحلیل وراثت یک نشانگر DNA

تحلیل فامیلی : (Kinship analysis ) : بررسی الگوی DNA یا انجام مطالعات دیگر برای مشخص کردن روابط فامیلی دو نفر .

تراشه DNA  : (DNA chip) : تراشه سیلیکوننی که تعداد زیادی آرایه الیگونوکلئوتیدهای مورد استفاده در مطالع ترانسکریپتوم و … را روی آن سوار کرده­اند .

ترانسپوزون : (Transposon) : توالی DNA که می­تواند از یک قسکت به قسمت دیگری از ژنوم برود .

ترانس ژنتیک : ( Transgnic) : حیوان یا گیاهی که یک ژن کلون شده را در تمام سلول­هایش دارد.

ترانسفکت کردن : (Transfection) : وارد کردن مولکول­های DNA ویروسی خالص شده به سلول زنده .

ترانسفورم کردن : (Transformation) : وارد کردن مولکول DNA به درون سلول زنده .

ترجمه با آزاد شدن از هیبرید ( Hybrid-release translation (HRT)) : روشی برای شناسایی پلی­پپتیدی که توسط ژن کلون شده کد می­شود .

ترجمه با حبس در هیبرید : ( Hybrid-arrest translation (HART)) : روشی برای مشخص کردن پلی­پپتیدی که توسط یک ژن کلون شده کد می­شود .

ترمیناتور : (Terminator) : توالی نوکلئوتیدی کوتاهی در فرودست ژن که به منزله علامت پایان رونویسی عمل می­کند .

ترانسکریپتوم : (Transcriptome) : محتوی mRNA سلول یا بافت .

تعداد نسخه : (Copy number) : تعدادمولکول­های یک نوع پلاسمید که در یک سلول حضور دارند .

تکامل چند ناحیه­ای : (Multiregional evolution) : تئوری که بر اساس آن انسان مدرن از جمعیتی از Homo erectus که در حدود یک میلیون سال پیش آفریقا را ترک کرده­اند منشا گرفته است .

تکامل هدایت شده : (Direct evolution) : مجموعه­ای از روش­های آزمایشگاهی برای بدست آوردم ژن­های جدید با محصولات بهتر .

تکثیر پلاسمید : ( Plasmid amplification) : روش گرماگذاری میکروب در حضور یک مهار کننده سنتز پروتئین­ها ، با هدف افزایش تعداد پلاسمیدهای حاضر در یک کشت باکتریایی .

تمایل کدونی : (Codon bias) : پدیده­ای که موجب می­شود کدون­ها یک آمینواسید به میزان مساوی در ژن­های یک موجود زنده استفاده نشوند .

توالی برچسب خورده : (Sequence tagged site (STS)) : توالی DNA که جایگاه آن رئی ژنوم نقشه برداری شده است .

توالی تکراری کوتاه پشت سرهم : ( Short tandem repeat (STR)) : چندشکلی نسخه­های پشت سر هم از واحدهای دو، سه ، چهار یا پنج نوکلئوتیدی را شامل می­شود . این توالی­ها ریزماهواره هم نامیده می­شود.

توالی یابی با چرخه حرارتی : ( Thermal cycle sequencing) : روش توالی­یابی DNA که از PCR برای ایجاد پلینوکلئوتیدهای خاتمه زنجیره استفاده می­کند .

توالی توافقی : (Consensus sequence) : توالی نوکلئوتیدی مورد توافق برای توصیف نواحی خاصی از ژنوم . هر یک از جایگاه­های توالی توافقی ، نوکلئوتیدی را که اغلی در آن جایگاه دیده می­شود نشان می­دهد.

توالی تکراری بسیار متغیر پراکنده : ( Hypervariable dispersed repetitive sequence) : از توالی­های تکراری DNA انسان که در انگشت­نگاری DNA استفاده می­شود .

توالی­یابی DNA  : (DNA sequenceing ) : مشخص کردن ترتیب نوکلئوتیدها در مولکول DNA .

تئوری خارج از آفریقا : (Out of Africa hypothesis) :  تئوری که بر اساس آن انسان مدرن در آفریقا تکامل یافته و در حدود 50 تا 100 هزار سال قبل در تمام جهان پراکنده شده و جایگزین اخلاف Homo ercuts شده است .

جایگاه اتصال ریبوزوم : (Ribosome binding site) : توالی نوکلئوتیدی کوتاهی در فرادست ژن است که بعد از رونویسی ، جایگاه اتصال ریبوزوم را تشکیل می­دهد .

جانور ترانس­ژن : (Transgenic animal) : جانوری که یک ژن کلون شده را در تمام سلول­هایش دارد.

جایگاه COS : ( COS site) : یکی از جایگاه­های تک رشته­ای و چسبنده حاضر در انتهاهای مولکول­های DNA سویه خاصی از فاژλ .

جزایر CPG : (CpG island ) :  مناطقی از DNA که غنی از توالی CG هستند و در فرادست حدود 56% از ژن­های انسان وجود دارند .

جستجوی همولوژی : (Homology search) : روشی که در /ان ژن­هایی که توالی­هایی مشابه ژن ناشناخته را دارند ، بررسی می­شوند تا شناسایی ژن را تایید کنند یا عملکرد ژن ناشناخته را مشخص سازند .

جمع­آوری : (Harvesting) : جدا کردن میکروارگانیسم­ها از یک محیط کشت که معمولا با سانتریفوژ انجام می­شود .

جِمینی ویروس : (Geminivirus) : یکی از دو گروه DNA ویروس­هایی که گیاهان را عفونی می­کنند . اعضای این گروه پتانسیل استفاده شدن به عنوان وکتورهای کلون­سازی در برخی از گونه­های گیاهان عالی را دارند .

جهش­زایی آزمایشگاهی : (In vitro mutagenesis) : روشی برای ایجاد جهش خاص در جایگاه مشخصی از مولکول DNA.

جهش­زایی با واسطه الیگونوکلئوتیدها : (Oligonucleotide-directed mutagenesis) : روش جهش­زایی آزمایشگاهی که شامل استفاده از الیگونوکلئوتیدهای صناعی برای ایجاد تغییر نوکلئوتیدی مورد نظر در ژن است .

جهش حساس به حرارت : (Temperature-sensitive mutation ) : جهشی که باعث می­شود محصول ژن در دامنه دمایی مهینی فعال باشد ( مثلا زیر C ͦ 30 )   اما در دماهای دیگر غیر فعال شود ( مثلا بالای  C ͦ 30 )   .

حامل وارد شوند ­: ( Insertion vector ) : حامل λ که بخشی از DNA غیر ضروری آن حذف شده است .

چارچوب خواندن باز : (ORF) (Open reading frame) : مجموعه کدون­هایی که می­توانند به همراه هم یک ژن را تشکیل دهند .

چارچوب خواندن : (Reading frame) : یکی از شش توالی هم­پوشان کدون­های سه تایی را می­گویند . ر.ی هر رشته پلی­نوکلئوتید DNA دو رشته­ای ، سه قاب خواندن وجود دارد.

چرخه عفونی لیتیک : ( Lytic infection cycle ) : چرخه­ای که فاژ ، تکثیر یافته و بلافاصله بعد از شروع عفونت منجر به مرگ سلول میزبان می­شود . ورود DNA فاژ به درون کروموزوم باکتری در این حالت رخ نمی­دهد .

چرخه عفونی لیزوژنی : (Lysogenic infection cycle ) : چرخه­ای از عفونت فاژی که با وارد شدن DNA فاژ به درون کروموزوم میزبان همراه است .

چگالی شناوری : (Buoyant density) : چگالی یک مولکول یا ذره در هنگامی که درون یک محلول نمکی معلق شده است .

چند شکلی : (Polymorphism) : جایگاه ژنی که به صورت الل­های مختلف با دیگر تفاوت­ها در جمعیت دیده می­شود .

چند شکلی اندازه قطعات حاصل از برش با آنزیم­های محدودگر : (Restriction fragment length polymorphism (RFLP)) : جهشی است که موجب تغییر در جایگاه برش آنزیم محدودگر می­شود و بنابراین الگوی حاصل از برش مولکول DNA توسط آن آنزیم محدودگر تغییر می­یابد .

چندشکلی تک نوکلئوتیدی : ( Single nucleotide polymorphism (SNP)) : جهش نقطه­ای که در برخی افراد جمعیت مشاهده می­شود .

حامل جایگزینی : ( Replacement vector) : حاملλ که برای وارد کردن یک قطعه DNA طراحی شده و در آن DNA مورد نظر با یک یاز بخش­های غیر ضروری مولکول DNA فاژ جایگزین شده است .

حامل دو میزبانه : (Shuttle vector) : حاملی که در سلول­های بیش از یک گونه بتواند همانندسازی کند ( مثلا در مخمر و E.Coli).

حوای میتوکندریایی : (Mitochondrial Eve) : زنی که در حدود 140000 تا 290000 سال قبل در آفریقا زندگی می­کرده و DNA میتوکندریایی اجدادی را همراه داشته است و تمام DNAهای میتوکندریایی امروزی از آن منشا گرفته­اند .

خانواده چند ژنی : (Multigene family) :  تعدادی از ژن­های خاص یا مرتبط موجود در یک جاندار که معمولا خانواده­ای از پلی­پپتیدهای مرتبط را بیان می­کنند .

دئوکسیریبونوکلئاز : (Deoxyribonuclease) : آنزیمی که DNA را خرد می­کند .

درز : (Nick) : شکستن پیوند و عدم وجود یک یا چند نوکلئوتید در یکی از رشته­های DNA دورشته­ای .

درزگیری : (Nick translation) : ترمیم درز با DNA پلیمراز I که معمولا برای ورود کردن نوکلئوتیدهای نشاندار به درون مولکول DNA استفاده می­شود .

دم گذاری هموپلیمری : (Homopplymer tailing) : اتصال توالی از نوکلئوتیدهای مشخص ( مثل AAAA) به انتهای مولکول اسید نوکلئیک . مهمولا برای ساختن هموپلیمر تک رشته­ای در یک انتهای مولکول DNA دو رشته­ای .

دمای ذوب (Tm) : ( Melting temperature (Tm) ) : دمایی است که در آن DNA دو رشته­ای یا هیبرید RNA-DNA دناتوره می­شوند .

دناتوره شدن : (Denatureation) : در مورد مولکول­های اسید نوکلئیک ، شکست پیوندهای هیدروژنی میان جفت بازها به صورت شیمیایی یا فیزیکی .

دی دئوکسینوکلئوتید : (Dideoxynucleotide) : نوکلئوتید تغییریافته­ای که گروه هیدروکسیل ‘3  ندارد و بنابر این اگر به رشته پلی­نوکلئوتید در حال ساخته شدن اضافه شود ، از ادامه واکنش جلوگیری می­کند .

رتروویروس : (Retrovirus) : ویروسی است که ژنوم RNA  دارد و می­تواند به درون کروموزوم میزبان وارد شود . از مشتقات این ویروس­ها می­توان برای کلون کردن ژن در سلول­های پستانداران استفاده کرد.

ردپانگاری : (Footprinting) : تعیین جایگاه اتصال به پروتئین روی یک مولکول DNA با تعیین این که کدام یک از پیوندهای فسفودی استری از برش با DNasel  در امان مانده­اند .

رزین : (Resin) : بستری برای کروماتوگرافی .

رسوب گذاری اتانولی : (Ethanol precipitation ) : رسوی گذاری مولکول­های اسید نوکلئیک در حضور اتانول و نمک که روشی برای تلغیظ DNA  است .

روش تکثیر سریع انتهاهای cDNA : (RACE) (rapid amplification of cDNA ends(RACE)) : روش مبتنی بر PCR برای نقشه برداری انتهای مولکول­های RNA

روش کلون کانتیگ : (Clone contig approach) : روشی برای توالی­یابی ژنوم که در آن مولکول مورد نظر برای توالی­یابی را به قطعاتی به طول چند صد تا چند میلیون باز می­شکنند و جداگانه توالی­یابی می­کنند .

رونوشت­بردار معکوس : (Reverse transcriptase) : DNA پلیمراز وابسته به RNA که می­تواند مولکول DNA مکمل را از روی الگویی که RNA تک رشته­ای است ، بسازد .

رویکرد ضربتی : (Shotgun approach) : راهکارهای برای توالی­یابی ژنوم که در آن مولکول­هایی که باید توالی­یابی شوند ، به طور تصادفی به قطعاتی بریده شده و جداگانه توالی­یابی می­شوند.

ریبونوکلئاز : (Ribonuclease) : آنزیمی که RNA را هضم می­کند .

ریزآرایه : (Microarray) : مجموعه­ای از cDNAهای تثبیت شده روی ورقه شیشه­ای که در مطالعات ترنسکریپتوم استفاده می­شوند .

ریزتزریق : (Microinjection) : روشی برای وارد کردن DNA به درون سلول با تزریق مستقیم به درون هسته .

ژن کاندیدا : (Candidate gene) : ژنی که از طریق کلون کردن جایگاهی شناسایی شده و احتمالا عامل ایجاد یک بیماری است .

ژن گزارشگر : (Reporter gene) : ژنی که فنوتیپ آن را می­توان در موجود زنده ترانسفورم شده اندازه گیری کرد . از این روش برای آنالیز حذف مناطق کنترل کننده ژن­ها استفاده می­کنند .

ژل الکتروفورز : (Gel electrophoresis) : الکتروفورزی که در یک زمینه ژلی انجام می­شود بنابراین مولکول­های با بار الکتریکی مشابه را می­توان بر اساس اندازه از هم جدا کرد .

ژن : (Gene) : بخشی از DNA که یک RNA یا پلی­پپتید را کد می­کند.

ژن درمانی : (Gene therapy ) : فرایند بالینی که از ژن یا دیگر توالی­های DNA برای درمان بیماری استفاده می­کند .

ژنتیک : (Genetic) : شاخه­ای از زیست شناسی که به مطالعه ژن­ها می­پردازد .

ژنوم : (Genome ) : مجموعه کامل ژن­های یک موجود زنده .

ژنومیکس : (Genimics) : مطالعه یک ژنوم ، بویژه توالی کامل یک ژنوم .

ژنومیکس عملکردی : (Functional genomics) : مطالعاتی با هدف مشخص کردن تمام ژن­های ژنوم و تعیین عملکرد آن­ها.

ساخت مصنوعی ژن­ها : (Artificial gene synthesis) : ساختن یک ژن مصنوعی با استفاده از مجموعه­ای از الیگونوکلئوتیدهایی که با هم هم­پوشانی دارند .

سازگاردهنده : ( Adaptor) : الیگونوکلئوتید مصنوعی دو رشته­ای که برای متصل کردن انتهاهای چسبنده به انتهاهای صاف (تراز) استفاده می­شود .

سازگاری : (Compatibility) : امکان حضور همزمان دو نوع پلاسمید در یک سلول .

ساعت مولکولی : (Molecular clock) : روش آنالیز بر مبنای سرعت موتاسیون که امکان تعیین زمان لازم برای رسیدن به شاخه­های یک درخت ژنی را مشخص می­کند .

سانتریفوژ شیب چگالی : (Density gradient centrifugation ) : جداسازی مولکول­ها و ذرات بر اساس چگالی شناوری با سانتریفوز کردن در محلول غلیظ ساکارز یا کلری سزیم .

ستون چرخشی :  (Spin column) : روشی برای تسریع کروماتوگرافی تعویض یونی با سانتریفوژ کردن ستون کروماتوگرای .

سرکوب :  (Repression) : خاموش شدن بیان یک یا چند ژن در پاسخ به یک ماده شیمیایی یا دیگر تحریکات .

سکوناز :  (Sequenase) : آنزیمی که برای توالی­یابی DNA با روش خاتمه سنتز استفاده می­شود .

سلول بنیادی جنینی :  (Embryonic stem cell(ES)) : سلول­های بنیادی حاصل از جنین موش یا موجودات زنده دیگر که برای ایجاد جانوران ترانس ژنیک ، مثل موش ناک­اوت شده ، استفاده می­شوند .

سونیکاسیون : ( Sonication  ) : فرآیندی که از فراصوت برای ایجاد شکست­های تصادفی در مولکول­هایDNA استفاده می­شود .

سیستم ترجمه عاری ا زسلول : (Cell-free translation system) : عصاره سلولی که تمام اجزلی لازم برای ساختن پروتئین ( از جمله زیرواحدهای ریبوزومی، Trna ها ، آمینواسیدها ، آنزیم­ها و  کوفاکتورها )) را دارد و می­تواند مولکول­های rna اضافه شده به مجموعه را ترجمه کند .

سیستم هیبرید دوگانه مخمر : (Yeast two hybrid system) : از روش­های کلون کردن در ساکارومیسس سرویزیه برای شناسایی پروتئین­هایی که با یکدیگر برهم کنش دارند .

شاخص انتخاب : (Selectable marker) : ژنی که روی حامل است و امکان شناسایی سلولی را که حامل یا DNA نوترکیب مشتق از حامل را دارد ، میسر می­سازد .

شستشو : (Elution) : جدا کردن مولکول از ستون کروماتوگرافی .

طیف سنجی جذب UV  : (UV absorbance spectrophotometry) : روشی برای اندازه گیری غلظت یک ترکیب یا مشخص کردن مقدار نور UV جذب شده توسط نمونه­ای از آن .

عصاره سلولی : (Cell extract) : فرآرده­ای که محتوی تعداد زیادی از محتویات سلول­های شکسته شده است .

عصاره شفاف شده : (Cleared lysate) : عصاره سلولی سانتریفوژ شده­ای که قطعاتا سلولی ، اندامک و احتمالا DNA کروموزومی از آن جدا شده است .

عنصرP : (P element) : ترانسپوزون دروزوفیلا ملانوگاستر که به عنوان پایه­ای برای حامل کلون­سازی در این حشره استفاده می­شود .

غربالگری ایمونولوژیک : (Immunoligical screening) : استفاده از یک آنتی بادی برای شناسایی پلی­پپتیدی که توسط یک ژن کلون­شده تولید می­شود .

غربالگری ترکیبی : (Combinatorial screening) : روشی که در آن با مخلوط کردن نمونه­ها با نظم و ترتیب خاص می­توان تعداد دفعات PCR یا آنالیزهای دیگر را کاهش داد ، بنابراین حتی بدون آزمایش کردن اختصاصی نمونه می­توان آن­ها را ارزیابی کرد .

غیر فعال سازی ناشی از وارد شدن : (Insertional inactivation) : یکی از راهکارهای کلون کردن که وارد شدن یک قطعه DNA به درون حامل موجب غیر فعال شدن ژن درون حامل می­شود .

فارمینگ : ( Pharming ) : تغییرات ژنتیکی حیوانات اهلی به طوری که بتوانند پروتئین­های دارویی نوترکیب را در شیرشان تولید کنند .

فاژکمک کننده : (Helper phage) : فاژی که به همراه حامل کلون سازی مربوطه­اش به سلول میزبان وارد می­شود تا آنزیم­های لازم برای همانند سازی حامل کلون کردن را فراهم کند .

فاژمید : (Phagemid) : پلاسمید دو رشته­ای که منشا همانندسازی یک فاژ رشته­ای را دارد و می­توان از آن برای تهیه نمونه تک رشته­ای ژن کلون شده استفاده کرد .

فراوانی ترانسفورم کردن : ( Tranformation frequency) : تعداد سلول­هایی که در یک آزمون ترانسفورم شده­اند .

فن آوری آنتی­سنس : (Antisense technology) : استفاده از ؤن کد کننده RNA آنتی­سنس در مهندسی ژنتیک .

فن­آوری خاتمه­گر : (Terminator technology) : فرایند نوترکیبی DNA که موجب ساخته شدن پروتئین مهار کننده ریبوزوم در جنین گیاهان می­شود و برای جلوگیری از امکان کاشت دانه گیاهان مهندسی­شده استفاده می­شود .

فن­آوری DNA نوترکیب : (Recombinant DNA technology) : روش­هایی برای ساختن ، مطاله و استفاده از مولکول­های DNA نوترکیب .

قطعه کلنو ( از DNA پلیمراز I ) : (Klenow fragment (of DNA polymerase I)) : آنزیم DNA پلیمرازی است که از ایجاد تغییرات شیمیایی در DNA پلیمراز I اشرشیا کلی حاصل می­شود و در توالی­یابی DNA کاربرد دارد .

قوانین واتسون و کریک : ( Watson – Crik rules) : قانین جفت شدن بازها که در ساختار ژن­ها و بیان آن­ها صادق است . طبق این قانون A  با T و G با C جفت می­شوند .

کاست : (Cassette) : توالی DNA مشتمل بر پروموتر ، جایگاه اتصال ریبوزوم ، جایگاه برش آنزیم­های محدودگر ، ترمیناتور( یا برای میزبان­های یوکاریوتی ، پروموتر ، جایگاه­های برش آنزیم­های محدودگر ، توالی پلی­آدنیلاسیون) که درون حامل بیانی وجود دارد . اگر ژن خارجی درون جایگاه­های برش با آنزیم­های محدودگر وارد شود تحت کنترل علایم بیانی حامل قرار گرته و بیان می­شود .

کاستن ژنی : (Gene subtraction) : یک راهکار مهندسی ژنتیک که موجب غیر فعال شدن یک یا چند ژن یک موجود زنده می­شود .

کاسمید : (Cosmid) : حامل کلون سازی پلاسمیدی که جایگاه COS فاژλ را دارد . از این حامل­ها برای کلون کردن قطعات DNA تا kb 40 ایتفاده می­شود .

کایمر : (Chimera) : (1) مولکول DNA نوترکیبی که از قطعات DNA چند موجود زنده تشکیل شده است . این اسم از نام جانوری افسانه­ای گرفته شده است . (2) محصول اولیه کلون کردن با استفاده از سلول­های بنیادی جنینی : جانوری که از مجموعه­ای از سلول­ها با ژنوتیپ متفاوت تشکیل شده است .

کانتینگ : (Contig) : یک قطعه پیوسته از توالی DNA ، حاصل بخشی از یک پروژه توالی­یابی ژنوم .

کپسید : (Capsid) : پوشش پروتئینی که DNA یا RNA باکتریوفاژ یا ویروس را می­پوشاند .

کتابخانه ژنومی : ( Genimic library) : مجموعه ای از کلونهایی که کلیه ژن­های موجود زنده را دارد .

کتابخانه نمایش فاژی : (Phage display library ) : مجموعه­ای از کلون­های M13 که قطعه متفائتی از DNA مورد استفاده در نمایش فاژی را همراه دارند .

کروماتوگرافی تعویض یونی : (Iin exchange chromatography ) : روشی برای جداسازی مولکول­ها با توجه به قدرت اتصال آن­ها به ذرات باردار الکتریکی موجود در یک ماتریکس کروماتوگرافی .

کروماتوگرافی تمایلی : (Affinity chromatography) : روش کروماتوگرافی مبتنی بر استفاده از یک لیگاند ه به پروتدین خاصی متصل می­شود و بنابراین می­توان از آن برای خالص سازی پروتئین مورد نظر استفاده کرد .

کروموزوم : (Chomosome ) : ساختاری متشکل از DNA و پروتئین که بخشی از ژنوم هسته­ای یوکارت­ها را در بر دارد . با کمی تسامح می­توان از این اسم در مورد ژنوم پروکاریون­ها نیز استفاده کرد .

کروموزوم مصنوعی باکتریایی (BAC) : (Bacterial artificial chormosome) : حامل کلون سازی با پایه پلاسمید F  که برای کلون کردن قطعات بزرگ DNA در اشرشیا کلی استفاده می­شود.

کروموزوم مصنوعی مخمر : (Yeast artificial chormosome (YAC)) : حامل کلون سازی که ترکیب ساختاری کروموزوم مخمر را دارد و از آن می­توان برای کلون کردن قطعات بزرگ DNA استفاده کرد .

کروموزوم مصنوعی مشتق شده از P1)) (PAC) : حامل کلون کردن با پایه باکتریوفاژ P1 که برای کلون­سازی قطعات بزرگ DNA در اشرشیا کلی استفاده می­ش.د .

کروموزوم ویروس : (Virus chromosome ) : مولکول­های RNA یا DNA که درون یک کپسید ویروسی هستند و ژن­های ویروسی را حمل می­کنند .

کشت بسته : (Batch culture) : کشت باکتری­ها در حجم ثابتی از محیط کشت مایع ، در یک ظرف بسته را می­گویند . در این روش در طی مدت گرماگذاری ، اضافه کردن یا کم کردن محیط کشت انجام نمی­شود .

کشت مداوم : (Continuous culture) : کشت میکروارگانیسم­ها در محیط کشت مایع تحت شرایط کنترل شده همراه با اضافه کردن و برداشت محیط کشت در دامنه­های زمانی خاص .

کشت مایع : (Broth culture) : کشت میکروارگانیسم­ها در محیط کشت مایع .

کلون : (Clone ) : مجموعه ای از سلول­ها که مولکول­های DNA نو ترکیب یکسانی دارند .

گلون کرد DNA مکمل (cDNA) : ( co,plemntary DNA (cDNA) cloning ) : روش کلون کردن مبتنی بر استفاده از DNA از روی mRNA .

کلون کردن جایگاهی : (Position cloning ) : فرآندی که از اطلاعات جایگاه یک ژن برای بدست آوردن کلون آنژن استفاده می­شود .

کلون کردن ژن : (Gene cloning ) : وارد کردن قطعه DNAای که حامل یک ژن است به درون یک حامل کلون سازی و تکثیر مولکول DNA نوترکیب حاصل در یک میزبان ، از این اصطلاح برای توصیف روش­های هوشمندانه­ای که بدون حامل کلون­سازی موجب انتقال ژن می­شوند ( مثل روش انتقال مستقیم ژن ) هم استفاده می­شود .

کلون کردن ضربتی : (Shotgun cloning) : راهکاری برای کلون کردن که شامل وارد کردن قطعات تصادفی یک مولکول DNA  بزرگ به درون حامل است که منجر به ایجاد تعداد زیادی مولکول DNA نوترکیب می­شود .

گروه ناسازگار : ( Incompatibility group ) : انواع مختلفی از پلاسمیدها که اغلب از یک خانواده هستند ، اما نمی­توانند به همراه هم در یک سلول وجود داشته باشند .

گام زنی کروموزومی : ( Choromosome walking) : روشی برای ایجاد کلون کاتینگ با شناسایی قطعات DNA کلون شده­ای که با هم هم­پوشانی دارند .

گسترش پرایمر : ( Primer extension ) : روشی برای تحلیل رو نوشت که در آن انتهای’5 یک RNA با اتصال و گسترش یک پرایمر الیگونوکلئوتیدی نقشه برداری می­شود .

لامبدا : ( Lambda) ( λ ) : باکتروفاژی که اشرشیا کلی را عفونی می­کند . از مشتقاات آن به عنوان حامل کلون کردن استفاده می­شود .

لیزوزیم : ( Lysozyme) : آنزیمی که دیواره سلولی برخی باکتری­ها را تضعیف می­کند .

لیگاز (DNA لیگاز ) : (Ligase (DNA ligase) : آنزیمی است که بریدگی­های مولکول­های DNA دو رشته­ای را در سلول­ها ترمیم می­کند . در آزمایش­های کلون سازی از DNA لیگاز خالص شده برای متصل کردن  مولکول­های DNA استفاده می­شود .

مبدا همانندسازی : (Origin of replication ) : جایگاه مخصوصی روی مولکول DNA که همانندسازی DNA از آنجا شروع می­شود .

متصل کننده : ( Linker ) : یک الیگونوکلئوتید دو رشته­ای مصنوعی است که برای اتصال انتهاهای چسبنده به مولکول­های با انتهای صاف استفاده می­شود .

محدودسازی بیولوژیکی : (Biological containment) : عبارت از روش­های پیشگیرانه­ای است که برای جلوگیری از تکثیر مولکول­های DNA نوترکیب در میکروارگانیسم­ها در محیط طبیعی انجام می­شود . در این روش از حامل­ها و میزبان­هایی استفاده می­شود که دستکاری شده­اند و بنابراین نمی­توانند خارج از محیط آزمایشگاه زنده بمانند .

محیط کشت حداقل : ( Minimal medium ) : محیط کشت مشخصی که تنها تعدا محدودی از مواد غذایی مورد نیاز برای یک باکتری خاص را دارد .

محیط کشت مشخص : ) Defined medium  ) : محیط کشت باکتریایی که ترکیباتش معلوم است .

محیط کشت نامشخص :  ( Undefined medium ) محیط کشتی که اجزای تشکیل دهنده­اش مشخص نیستند  .

مکمل : ( Complementary) : دو پلی­نوکلئوتیدی که بازهایشان می­توانند با هم جفت شوند و یک مولکول دو رشته­ای ایجاد کنند .

مولکول DNA نوترکیب : ( Recombinant DNA molecule) : مولکول DNA ای که با متصل کردن قطعات DNA مختلف به یکدیگر به دست می­آید .

معرف نقشه برداری : ( Mapping reagent ) : مجموعه­ای از قطعات DNA روی کروموزوم­ها یا درون ژنوم که برای نقشه برداری STS  استفاده می­شوند .

موش ناک­اوت شده : ( Knockout mouse ) : موشی که مهندسی شده و حامل یک ژن غیر فعال است .

مولد : (Productive ) : چرخه عفونی ویروس که می­تواند به تکمیل ساخته شدن و رها شدن ذرات ویروسی جدی بیانجامد .

مهندسی پروتئین : (Protein engineering) : مجموعه روش­هاییکه شامل ایجاد جهش در ژ«­ها و ایجاد تغییرات هدفمند در مولکل پروتئین سنتز شده است . اغلب از این روش­ها برای بهبود ویژگی­های آنزیم­هایی که کاربرد صنعتی دارند استفاده می­شود .

مهندسی ژنتیک : (Gnetic engineering ) : استفاده از روش­های آزمایشگاهی برای ایجاد مولکول­های DNA حاوی ژن یا ژن­های جدید.

میدان الکتریکی یکنواخت حاشیه­ای : ( Contour clamped ho,ogeneous elecric fields (CHEF) ) : روش الکتروفورز برای جدا کردن قطعات بزرگ DNA .

نشاندار کردن : ( Labelling ) : وارد کردن یک نوکلئوتید نشانگر به درون مولکول اسید نوکلئیک . نوکلئوتید نشانگر معمولا ( و نه همیشه ) رادیواکتیو یا فلورسنت است .

نشانگر DNA  : ( DNA marker ) : توالی DNAکه به صورت دو یا چند الل وجود دارد و بنابراین می­توان از آن در نقشه برداری ژنتیکی استفاده کرد.

نشانگر رادیواکتیو : ( Radioactive marker) : اتم رادیو اکتیو مورد استفاده برای شناسایی مولکول بزرگی که درون آن وارد شده است .

نقشه برداری ژنی : (Gene mapping ) : تعیین جایگاه نسبی ژن­های مختلف روی یک مولکول DNA .

نقسه برش با آنزیم­های محدودگر : (Restriction map) : نقشه­ای که نشان دهنده جایگاه برش آنزیم­های محدودگر مختلف روی مولکول DNA است .

نقشه ژنتیکی : ( Genetic map ) : نقشهژنومی که از بررسی مستقیم مولکول­های DNA حاصل شده است .

نمایش فاژی : ( phage display) : روشی مبتنی بر لون کردن در فاژM13 ، برای شناسایی پروتئین­هایی که با یکدیگر برهم کنش دارند .

نوترکیب : ( Recombinant) : سلول ترانسفورم شده­ای که دارای یک مولکول DNA نوترکیب است .

نوترکیبی :  (Recombination) : تعویض توالی­های DNA میان دو مولکول مختلف . نوترکیبی به طور طبیعی رخ می­دهد اما در دستکاری­های DNA هم از آن استفاده می­شود .

نوترکیبی همولوگ : ( Homologous recombination ) : نو ترکیبی میان دو مولکول DNA دو رشته­ای همولوگ ، از جمله آن­هایی که تشابه توالی نوکلئوتیدی گسترده­ای دارند .

واکنش زنجیره­ای پلیمراز : ( Polymerase chain reactoin(PCR)) : روشی برای تکثیر آنزیمی نسخه­های متعدد از توالی DNA هدف .

وکتور یا حامل : ( vector) : مولکول DNA  که می­تواند در مجود زنده میزبان تکثیر یابد . برای کلون کردن ، ژن را وارد آن کرده و مولکول DNA نوترکیب را به دست می­آورند .

ویروس کلم (Caulimoviruses) : یک از دو گروه ویروس DNA داری که گیاهان را عفونی می­کنند . این ویروس­ها پتانسیل لازم برای استفاده شدن به عنوان حامل کلون کردن ژن در تعدادی از گیاهان عالی را دارند .

ویروس موزائیک کلم : ( cauliflower mosaic virus (CaMV)) : شناخته شده ترین ویروس کلم که در گذشته به عنوان حامل کلون کردن برخی گونه­های گیاهی عالی استفاده می­شد . ویروس موزائیک کلم منبعی برای تهیه پروموترهای قدرتمند در انواع دیگر حامل­های کلون شازی گیاهی نیز می­باشد .

ویروس همراه آدنو (AAV) : (Adeno-associated virus (AAV)) : ویروسی که ارتباطی با آدنوویروس­ها ندارد ، اما اغلب در بافت­های عفونی شده با آدنوویروس­ها دیده می­شود ، زیرا AAVها از برخی پروتئین­های تولید شده توسط آدنوویروس­ها برای تکمیل چرخه همانند سازی خود استفاده می­کنند .

هاپلو گروه: ( Haplogroup) : یکی از کلاس­های اصلی توالی DNA میتوکندری موجود در جمعیت انسانی .

هضم دوگانه : (Double digestion) : برش مولکول DNA با دو آنزیم محدودگر مختلف ، همزمان یا پشت سرهم .

هضم ناقص : (  Partial digestion ) : تیمار مولکول DNA  با یک آنزیم محدودگر تحت شرایطی که تنها بخشی از جایگاه­های برش توسط آنزیم شناسایی و بریده شوند .

هم یوغی : ( Conjugation ) : اتصال فیزیکی میان دو باکتری که معمولا همراه با انتقال DNA از یک سلول به سلول دیگر است .

همولوژی (Homology) : به دو ژن حاصل از دو موجود زنده مختلف گفته می­شود که از یک ژن اجدادی مشتق شده­اند . دوژن همولوگ معمولا تشابه توالی لازم برای فراهم کردن امکان استفاده از یکی به عنوان پروب شناسایی دیگری را دارند .

هیبریداسیون اسیدنوکلئیک : ( Nucleic acid hybridization ) : ایجاد یک مولکول دورشته­ای در اثر جفت شدن بازهای پلی نوکلئوتیدهای مکمل یا همولوگ .

هیبریداسیون در محل : ( In situ hybridization) : روشی برای نقشه برداری ژن که شامل هیبریداسیون یک نمونه نشاندار از ژن کلون شده با مولکول بزرگی از DNA  ( که معمولا کروموزوم است ) می­باشد .

هیبریداسیون در محل فلورسنسی : ) Fluoresccence in situ hbridization) : یک روش هیبریداسیون در محل که از فلوروکروم­هایی با رنگ­های مختلف برای جایابی دو یا چند ژن روی کروموزوم تحت آزمایش استفاده می­شود .

DNA  باستانی : (Ancient DNA) :  DNA حفظ شده در یک نمونه باستان شناسی یا فسیل .

DNA  پلیمراز : (DNA polymearase) : آنزیمی که از روی الگوی DNA  یا RNA  ، DNA می­سازد .

DNA  تام سلول : (Total cell DNA) : متشکل از کل DNA موجود در یک سلول یا در گروهی از سلول­ها .

DNA  پلیمراز Taq : (Taq DNA polymerase) : DNA پلیمراز مقاوم به حرارت که در PCR استفاده می­شود .

DNA حلقوی باز : ((OcDNA) Open-circular DNA) : آرایش فضایی غیر ابرمارپیچی DNA که در هنگام وجود درز در DNA حلقوی دورشته­ای ایجاد می­شود .

DNA حلقوی بسته کووالان : ( Covalently closed-circular DNA (cccDNA)) : مولکول DNA حلقوی دو رشته­ای بدون درزی که معمولا به صورت ابرمارپیچ دیده می­شود .

DNA ژنومی : (Genomic DNA) : متشکل از کل DNA موجود در یک سلول یا گروهی از سلول­ها.

DNA PCR تکراری : ( Repetitive DNA PCR ) : روش انگشت نگاری کلون که از PCR  برای مشخص کردن جایگاه­های مربوط به توالی­های تکراری دورن قطعات DNA کلون شده استفاده می­شود.

GM ( محصولات مهندسی شده ) : (GM ( Genetically modified ) crop ) : گیاهی که با اضافه کردن یا کاستن ژن­ها حاصل شده است .

Heterologous probing  : استفاده از یک مولکول اسید نوکلئیک نشاندار برای مشخص کردن مولکول­های مشابه با روش هیبریدسازی .

Host controlled restriction  : مکانیسمی است که بوسیاه آن برخی باکتری­ها از حمله فاژها جلوگیری می­کنند . آن­ها این کار را با تولید اندونوکلئازهای محدودگری که DNA غیر باکتریایی را می­شکنند ، انجام می­دهند .

Indel  : جایگاهی که یک توالی DNA وارد ژنوم می­شود یا از ژنوم خارج می­شود . این نام گذاری به خاطر این است که با مقایسه دو توالی جایگزین نمیتوان گفت که آیا توالی از یک یحذف شده یا به دیگری اضافه شده است .

M13 : باکتریوفاژی است که اشرشیا کلی را آلوده می­کند . از مشتقات آن به عنوان حامل کلون سازی استفاده می­شود .

M13 تکثیری : شکل دو رشته­ای مولکول M13 DNA که در سلول­های اشرشیا کلی آلوده شده دیده می­شود.

Orphan : ORFای که به نظر می­رسد مربوط به یک ژن عملکردی باشد ، اما هیچ عملکردی از آن مشاهده نشده باشد .

ماهوارک : (Microsatellite) : پلی­مورفیمس است که معمولا شامل تکرار توالی­های دو ، سه ، چهار یا پنج نوکلئوتیدی است . به این توالی­ها توالی­های کوتاه تکراری پشت سر هم نیز گفته می­شود (STR) .

P1 : باکتریوفاژی که اشرشیا کلی را عفونی می­کند و از مشتقات آن به عنوان حامل کلون سازی استفاده می­شود .

Principle Component analysis  : فرایندی برای تعیین الگوی کلی در مجموعه بزرگی از نمونه­های متفاوت .

Processivity  : مقدار DNAای که قبل از جدا شدن DNA پلیمراز از الگو ساخته می­شود .

Radiation hybrid  : مجموعه­ای از رده­های سلولی جندگان که دارای قطعات مختلف ژنوم انسان هستند و با روش پرتودهی ساخته شده­اند . از این مجموعه به عنوان وسیله نقشه برداری برای مطالعه ژنوم انسان استفاده می­شود .

Random priming  : روشی برای نشاندار کردن DNAبا استفاده از هگزامرهای تصادفی که به صورت تصادفی به DNA تک رشته­ای متصل شده و نقش پرایمر را برای ساختن رشته مکمل الگو توسط آنزیم مناسب بازی می­کنند .

Relaxed : DNA حلقوی بدون ابر مارپیچ .

RNA پیامبر : رونوشت­ ژن­های کد کننده پروتئین .

PCR  چندگانه : (Multiplex PCR ) : PCRای که با بیش از یک جفت پرایمر انجام می­شود و دو یا چند جایگاه را روی قطعه DNA مورد نظر هدف­گیری می­کند .

PCR قطعه تکراری پراکنده : ( IRE-PCR) : یک روش انگشت نگاری کلون با استفاده از PCR برای شناسایی جایگاه نسبی توالی­های تکراری در قطعات DNA کلون شده .

RT-PCR : روش PCR که در آن ماده اولیه شروع واکنش RNA است . در مرحله اول این فرایند با واکنش رونوشت­برداری معکوس یک مولکوب c DNA از RNA ، ساخته می­شود .

Simian virus 4  (SV40) : ویروس پستانداران که به عنوان پایه حامل­های کلون سازی استفاده شده است .

Stem-Loop  : ساختار سنجاق سری پلی­نوکلئوتیدها که دارای ساقه­ای حاصل از جفت شده بازها و یک لوپ جفت نشده است .

Stuffer fragment  : بخشی از حامل جایگزینی λ که برای ورود DNA جدید از آن حذف می­شود .

T-DNA : بخشی از پلاسمید Ti که وارد DNA گیاه می­شود .

Vehicle  یا حامل : کلمه­ای که گاه به جای وکتور به کار می­رود . معنی آن این است که حامل ، ژن کلون­شده را در طی فرایند کلون کردن انتقال می­دهد .

Wave of advance model  : تئوری که بر اساس آن گسترش کشاورزی در اروپا با حرکت گسترده انسان همراه شده است .

Whole genome shotgun approach : راهکار توالی­یابی ژنوم که ترکیب توالی­یابی ضربتی تصادفی با یک نقشه ژنومی است . در اینجا از نقشه ژنومی برای سر هم کردن توالی کلی استفاده می­شود .

Zoo blot  : غشای نایلونی یا نیتروسلولزی که DNA تثبیت شده چندین گونه را دارد و برای مشخص کردن وجود یا عدم وجود همولوژی بین یک ژن از یک گونه با ژن­هایی از گونه­های دیگر استفاده می­شود .

گردآورنده : سرکار خانم پریناز زارع

رفرنس: کتاب کلون سازی ژن ها و آنالیز DNA  نوشته پروفسور براون

سایت ویستاژن در این مقاله به توضیح روش PCR پرداخته است.

واکنش زنجیره ای پلیمراز (Polymerase chain reaction) یا PCR، در زیست شناسی مولکولی برای ایجاد تعداد زیادی رونوشت از توالی های کوتاه DNA  یا ژن بکار می‌رود که ابزاری رایج در پزشکی و تحقیقات زیست‌شناسی است. با استفاده از این روش می‌توان هزاران یا میلیون ها نسخه کپی از قسمت خاصی از DNA را از مقدار کمی DNA بدست آورد.

این تکنیک در سال ۱۹۸۳ توسط یک بیوشیمیست آمریکایی به نام Kary Mullis اختراع شد که در سال ۱۹۹۳ جایزه نوبل شیمی را برای این اختراع خود دریافت کرد.

اساس کار PCR، شامل فرآیند گرم کردن و سرد کردن است که زنجیره های دمایی نامیده شده و توسط دستگاه مربوطه فراهم می‌شود. فرآیند PCR ممکن است چند ساعت به طول بیانجامد و یا با استفاده از دستگاه‌های خاص با سرعت بالا، در کمتر از یک ساعت انجام شود. این چرخه های دمایی ابتدا بصورت دستی کنترل می‌شدند و همچنین از آنزیم پلیمرازی استفاده می شد که نسبت به دما حساس بود و در هر چرخه دمایی denature می‌شد؛ در نتیجه لازم بود در هر چرخه، دوباره آنزیم پلیمراز به محیط  اضافه شود. Mullis در سال ۱۹۸۵ آنزیم Taq DNA polymerase را از باکتری حرارت دوست Thermus aquaticus استخراج و در آزمایش بکار برد تا در طول انجام PCR پایدار بوده و نیاز به اضافه کردن مجدد آنزیم در هر چرخه دمایی نباشد. همچنین در سال ۱۹۸۷ اولین ماشین PCR که PCR   1000 Thermal Cycler نام داشت توسط Cetus و Perkin-Elmer ساخته و به آزمایشگاه ها عرضه شد تا چرخه های دمایی را بطور اتوماتیک تکرار کند.

 فاکتورهای اساسی برای انجام PCR 

  1. DNA اولیه ای که قصد تکثیر آن را داریم.
  2. پرایمر ها (آغازگرها)
  3. نوکلئوتیدها؛که به آن ها  dNTP گفته می‌شود و واحدهای ساختاری DNA هستند.
  4. آنزیم Taq polymerase (برای اضافه کردن نوکلئوتید ها به زنجیره DNA)
  5. بافر که برای ایجاد شرایط مناسب واکنش بکار می‌رود.

مراحل اصلی در  PCR 

۱.مرحله‌ی واسرشته شدن یا  denaturing phase 

مرحله ای که در آن، در نتیجه‌ی بالا رفتن دمای واکنش تا حدود ۹۴ درجه‌ی سانتیگراد، با شکستن پیوندهای هیدروژنی بین جفت بازها،دو رشته ی DNA از هم جدا شده و از یک مولکول DNA  ، دو تک رشته ی DNA حاصل می‌شود که هر کدام از این رشته ها بعنوان رشته‌ی الگو برای ساخت DNA جدید عمل می‌کنند.این مرحله بین ۱۵ تا ۳۰ ثانیه زمان می‌برد.

۲.مرحله‌ی اتصال یا annealing phase 

در این فازدما تا حدود ۵۰-۶۵ درجه (بسته به دمای اتصال پرایمرها) کاهش می‌یابد تا پرایمرها به ناحیه مکمل خود در DNA متصل می‌شوند. (یکی از پرایمرها به سر ‘۵ یک رشته‌ی DNA و دیگری به سر ‘۳ رشته‌ی دیگر متصل می‌شوند). مرحله‌ی اتصال حدود ۱۰ تا ۳۰ ثانیه طول می‌کشد.

۳.مرحله‌ی گسترش یا extension phase 

افزایش مجدد دما، تا حدود ۷۲ درجه سانتیگراد، سبب فراهم آمدن دمای مطلوب برای فعالیت آنزیمDNA polymerase  Taq شده و آنزیم می‌تواند در چنین شرایطی dNTP ها را به پرایمر اولیه اضافه کرده و به تدریج رشته‌ی جدید را طویل سازد.این آنزیم از باکتری گرمادوستی به نام  Thermus aquaticus گرفته شده که در دماهای بالا قادر به ادامه‌ی حیات است.بنا براین آنزیم در دمای بالایی که طی فاز denaturing با آن مواجه است تخریب نمی‌شود. مدت زمان این مرحله به طول DNA بستگی دارد ولی رونویسی هر هزار نوکلئوتید بطور متوسط حدود ۱ دقیقه زمان می برد.

این سه مرحله حدود ۲۰ تا ۴۰ بار در طول PCR تکرار می‌شوند و هربار مقدار DNA موجود،به دوبرابر افزایش می‌یابد.

پس از این که تکثیر انجام شد با استفاده از تکنیک الکتروفورز،کیفیت و اندازه‌ی DNA های ساخته شده قابل بررسی است.

گردآورنده : سرکار خانم لیلا تنهایی

vistagene vistagene ویستاژن